主要包括员工严重违反工作纪律、单位规章制度，或者员工不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位后仍不能胜任，以及员工在试用期间被证明不符合录用条件等情形。
一、严重违反工作纪律或规章制度
事业单位作为公共服务的提供者，其运营秩序和纪律至关重要。当员工严重违反工作纪律或单位规章制度时，事业单位有权依法开除员工。这些违反行为可能包括迟到早退、旷工、擅自离岗、滥用职权、贪污受贿等，这些行为不仅影响了单位的正常运行，还可能损害公共利益。
二、不能胜任工作且经培训或调整岗位后仍不能胜任
事业单位对员工的专业能力和素质有一定要求。当员工不能胜任本职工作，经过培训或者调整工作岗位后仍不能胜任时，事业单位可以依法解除劳动合同。这种情况下，单位需要为员工提供必要的培训和调整岗位的机会，以帮助员工提升能力，但如果员工仍无法胜任，单位则有权采取开除措施。
三、试用期间不符合录用条件
事业单位在招聘员工时，通常会设定一定的录用条件。在试用期内，如果员工被证明不符合这些条件，单位可以依法解除劳动合同。这有助于单位在招聘过程中筛选出真正符合要求的员工，保证单位的工作质量和效率。
此外，还有一些其他情况也可能导致事业单位开除员工，如员工涉及违法犯罪行为、严重失职造成重大损失等。这些情况都属于员工严重违反法律法规或职业道德的行为，单位有权依法予以开除。
综上所述：
事业单位开除员工的合法理由主要包括员工严重违反工作纪律或规章制度、不能胜任工作且经培训或调整岗位后仍不能胜任以及在试用期间不符合录用条件等情形。这些理由均基于劳动合同法的相关规定，旨在维护事业单位的正常运营秩序和员工的合法权益。在实际操作中，事业单位应严格按照法律法规和单位规章制度执行开除程序，确保处理结果的公正性和合法性。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》
第三十九条规定：
劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；
（二）严重违反用人单位的规章制度的；
（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；
（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的；
（六）被依法追究刑事责任的。
《事业单位人事管理条例》
第十五条规定：
事业单位工作人员连续旷工超过15个工作日，或者1年内累计旷工超过30个工作日的，事业单位可以解除聘用合同。
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