云南财经大学工商管理学院起源于1979年，当时工业经济系和商业经济系相继成立，开始招收大专生。1982年，学院迎来了首批本科生，随后在1983年，民族预科班和干部进修班以及专科专业如粮食经济和商业会计也相继设立。1986年后，学院连续开设了4届厂长经理班，为业界输送了大批管理人才。
1993年，工业经济系更名为工商管理系，商业经济系改称为贸易经济系。1999年4月，工商管理学院的组建更为显著，它由云南财贸学院的贸易经济系、工商管理系，以及云南经济干部管理学院的相关经济和管理系合并而成。2003年，劳动与社会保障专业暂时划归公共管理学院，市场营销专业则归属商学院。然而，2007年6月，劳动与社会保障专业又回归工商管理学院。
目前，工商管理学院设有工商管理、人力资源管理、工商管理(跨国公司方向)和劳动与社会保障等4个本科专业。1999年，学院经过国务院学位办的批准，获得了企业管理学硕士学位的授予权，这意味着它开始接纳研究生进行深造学习。
云南财经大学工商管理学院是云南财经大学历史最悠久和办学规模最大的系院之一。学院现有专任教师35人，其中博士后3人，博士10人，在读博士6人。教授6人，副教授15人。该院教师研究的国家级、省部级、地厅级课题有35个，撰写的期刊教研论文192篇，专著及教材27部。学院设有工商管理系、人力资源管理系和劳动与社会保障系，中小企业研究中心、人力资源管理研究中心、企业管理研究中心、创业管理与咨询研究中心、企业发展与管理创新研究中心、物流与供应链管理研究中心和企业理财与投资研究中心等教学和研究机构。