中国科学院水生生物研究所与多个知名学术机构保持着紧密的合作关系。首先，该研究所挂靠于中国动物学会，特别在鱼类学领域，与鱼类学分会保持着深度交流与合作。此外，它还与原生动物学分会携手，共同推进生物学研究的前沿探索。
在水产领域，中国科学院水生生物研究所加入了中国水产学会，特别是鱼病研究会，致力于鱼类疾病的预防和治疗研究。同时，对于环境保护，研究所也与环境科学学会环境生物学专业委员会紧密合作，关注生态系统的健康与生物多样性保护。
在地域层面，研究所与湖北省的海洋湖沼学会和动物学会保持着密切联系，共同推动当地水生生物研究的发展。武汉市动物学会作为其合作伙伴，也在城市生态系统研究方面提供了有力支持。
国际交流方面，中国科学院水生生物研究所还与国际鲍鱼协会保持友好关系，参与全球水生生物领域的国际合作，共同推动鲍鱼研究与保护的国际合作项目。
中国科学院水生生物研究所，是中国唯一专门从事内陆水体生命过程、生态环境保护与生物资源利用研究的综合性学术研究机构，所址上海，1954年9月迁至武汉。