法律分析：商品房有违建不可以办理产权证。违建房即使交纳罚款的情况下，也是不可以办理房产证的。未经规划部门批准擅自私建的建筑物是违章建筑，违章建筑既未经规划部门审批，同时又违反城市的总体规划，虽然规划部门罚款进行了处罚，但是也不能补批规划手续，不能变为合法建筑，也不能正常办理产权证。
法律依据：《中华人民共和国城乡规划法》第一百三十六条 违章建筑主要包括：
（一）未申请或申请未获得批准，并未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证而建成的建筑物；
（二）擅自改变建设工程规划许可证的规定建成的建筑物；
（三）擅自改变了使用性质建成的建筑物；
（四）临时建筑建设后超过有效期未拆除成为永久性建筑的建筑物。