公司以私人账户发工资可以仲裁。
公司以私人账户发工资不影响仲裁，因为属于劳动者所发生的一些争议，是可以按照相关法律来进行一定的规制处理的，仲裁委是可以认定即使是个人账户支付的工资，同样可以证明劳动者与单位存在劳动关系。
申请劳动仲裁的具体流程如下：
1、去当地人力资源和社会保障局内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份、相关证据复印件和证据清单2份、用人单位的工商登记信息；
2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期并且给对方答辩期；
3、然后开庭审理，之后对双方进行调解，调解不成仲裁委下达裁决书。
劳动仲裁一般60天内结案，对于裁决书不服，劳动者收到裁决书15天内可以起诉到法院。
【法律依据】
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》
第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。