作为一个山海经重度爱好者，来回答一下这个问题。首先先来明确下，在山海经中大致是可以将我们熟悉的神划分为三个时期的。首先来介绍一下第一时期，这一时期的神明我想大家从小就耳熟能详，那便是以女娲为代表的创世神，包括有伏羲，昊天等。他们与我们的天地出生在同一时期，有非常强悍可比拟天地的神力，超脱与我们生活的世界秩序之外。与这些创世神相对的，那这一时期还有一个非强大的种族，那就是我们常说的神兽。山海经最为出名也是最重要的一部分，便是对于各种神兽描写介绍，而这些神兽也是有创世级别的，其中最厉害的便是烛龙。传说它是昼与夜的创始，在山海经里它是几乎可以比肩神的存在的超强大神兽。
最后一个时期便是有着“绝地通天”称号的时期，那时候为了防止天上的神明过多干涉人类的世界，他们斩断了连接天地的桥梁，从此天上有天帝，人间有人皇，所以世界上出现了巫族，他们是用来天与地沟通的使者。同时在这一时期，神，人，兽都已经分开治理，此时最为强劲的便是人族，出现了许多帝王，比如炎黄二帝。
写到这里，答案相比已经很明确了。在山海经中，最为厉害的便是创世神，以女娲为首，她创造了人类，建立了制度，是真正的人类与大地之母，没有神可以与她相提并论。接下来便是创世神兽与人皇，和创世神的后代，共工，应龙等人。最后便是人间首领。
按照诞生时间来排列等级的，按照对人类的重要性来排列实力的。《山海经》被称之为中国第一部神话小说，不过与现代不同的是，那个时候的神话中的神们的排名，并不是按照战斗力排名的。现代的人习惯以战斗力排名，认为一个神仙的杀伤力越大，那么他的地位也就越高。这种看法在古代是行不通的，因为古代并不是单纯的讲蛮武文化。
在《山海经》中等级最高的神祇，是指女娲、盘古这个级别的，他们是天地诞生之前就存在的，也就是所谓的“先有盘古后有天”，这一批神祇不止他们两个，在《山海经》中大概有十来个。其次就是共工这种天地诞生之后的第一批神祇，这批神祇可以说是天地间自然诞生的，是靠着天地之间的能量汇聚而成。第三等级的就是这批神祇的后代。
再往下则是后来通过自己修炼，逐渐成长起来的神祇，这批神祇以昊天和如来为代表。再往下的等级划分则不那么重要了，因为接下来的神祇再厉害也无法跳脱出天庭和灵山的管理范围，只能属于天庭手下的势力了。
至于实力的划分则是像女娲因为创造了人类，所以被称之为“祖”，是最重要的；盘古因为创造了天地，与女娲同等重要。这些神祇都因为有着巨大的贡献，所以他们的实力在《山海经》中也是最高的。而在后来《封神演义》中战斗力很高的元始天尊、通天教主等等圣人，在这里面则没有什么地位。
除了女娲、盘古这一些实力绝顶的神祇，接下来是玉皇大帝和如来佛祖，他们虽然在等级排名上较低，可是对于人界而言，重要性是不可替代的，所以在实力上是第二阶梯。综合而言，古人对神祇们的实力和等级的划分，与今天人们靠着单纯的战斗力进行排名不同，古人更看重的是“贡献”。