分析中国16802份大豆种质，蛋白质含量在39.9%以下有1648份，占10.2%；40.0%～44.9%有7933份，占49.3%；45%～47.9%有5277份，占32.8%；48.0%以上有1229份，占7.7%；含量最高达52.9%。在育成品种中，豫豆12、科新3号、中豆24、浙春3号、冀豆12等为高蛋白品种，蛋白含量都在46%以上。
由于大豆籽粒中的蛋白处于相对稳定的状态，不同于代谢性和结构性蛋白，故称其为贮藏蛋白，约占种子蛋白的70%，占籽粒重量的28%左右。贮藏蛋白按溶解性不同分为球蛋白、清蛋白、醇溶蛋白和谷蛋白，其中球蛋白约占75%。大豆球蛋白微溶于水，溶于中性稀盐溶液。大豆球蛋白又可以分为豆球蛋白和副大豆球蛋白，用蔗糖梯度离心，沉淀系数近似于11S和7S，11S含有酸性和碱性亚基，酸性亚基A1～A4多为37kD，碱性亚基B1～B4多为20kD，7S球蛋白有α、α′和β三种亚基。11S约为7S的1.5～2.5倍。
大豆蛋白的氨基酸组成相对比较合理。如果蛋白质所含氨基酸含量，尤其8种人体必需氨基酸的比例与人体必需氨基酸的含量比例相同，这种蛋白就可称为全价蛋白。大豆蛋白除蛋氨酸含量略显不足外，接近全价蛋白，是比较理想的植物蛋白。
大豆蛋白中含有18种氨基酸，以谷氨酸含量最高，约占17%～20%；其次为天门冬氨酸，约占11%～14%；精氨酸、亮氨酸和赖氨酸分别占6%～8%，其他氨基酸含量在5%以下，组氨酸、精氨酸、蛋氨酸和胱氨酸含量较低，尤其蛋氨酸含量仅占蛋白总量的1.0%～1.5%。