按规定是公司不能全扣员工工资，要是员工工资被全扣了，那么公司也就是违规的。公司不仅不能把员工工资全扣了，每月扣减的工资的也不得超过员工当月工资的20%，并且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。要是扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，就按最低工资标准支付。 若公司违规克扣工资，可按照劳动争议解决办法处理，具体有如下：1、与用人单位就劳动纠纷问题直接进行协商。
2、可自愿选择调解，主要是去找劳动纠纷调解委员会申请调解，当然还可以去法院申请调解等。注意的是，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，同样还是可以向仲裁机构申请仲裁。
3、去申请仲裁，将纠纷提交劳动争议仲裁委员会进行处理。
4、要是你在经过劳动仲裁都不能解决你工资被扣的问题，那么现在最好就要收集相关证据积极去法院起诉。必须得先经过劳动仲裁，对仲裁裁决不服的人才能接着去法院起诉。