不同地区的新农合报销比例存在差异，以长沙市为例：
一、门诊医疗费用报销：
村卫生室：可报销70%，个人自负30%。
乡镇卫生院、社区卫生服务中心：可报销60%，个人自负40%。
院校医院、医务室：可报销70%，参保大中专学生、以学校为单位整体参保的普通学生自负30%。每个结算年度内，所发生的医保范围内的门诊医疗费用，最高可报销的限额为800元。
二、住院医疗费用报销：
乡镇卫生院、社区卫生服务中心：扣除起付线标准200后，可报销85%。
三类收费标准医疗机构（三类收费标准医疗机构和县级二类收费标准医疗机构）：扣除起付线标准300后，可报销70%。
二类收费标准医疗机构：扣除起付线标准500后，可报销65%。
市级乙类收费标准医疗机构：扣除起付线标准1100后，可报销60%。每个结算年度内，所发生的城乡居民基本医保（不含城乡居民大病保险）范围内住院医疗费用，最高可报销的限额为15万元。
三、生育医疗费用报销：
平产最高可补助1300元。
剖宫产最高可补助1600元。孕产妇因为高危重症救治而导致发生的范围内住院医疗费用，可按照疾病住院的相关标准予以报销支付。
四、大病医疗：
普通群众起付线标准为22324元；困难群众（即特困人员、低保对象、返贫致贫人口）起付线标准降低50%，为11162元。
普通群众报销标准为：0至3万元可报销60%、3万至8万元（含）可报销65%、8万至15万元（含）可报销75%、15万元以上可报销85%；困难群众报销标准为：0至3万元可报销65%、3万至8万元（含）可报销70%、8万至15万元（含）可报销80%、15万元以上可报销90%。
普通群众年度限额统一为40万元；困难群众没有封顶线。
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