区别：工商行政管理局是政府主管市场监管和行政执法的政府部门；市场监督管理局是一些地方将工商行政部门、食品药品监督管理局、质量监督局三局合并成立的。 一是设区市市场监督管理机构由工商、质监、食药监3个部门整合的，名称统一为“市场和质量监督管理局”，加挂食品药品监督管理局、食品安全委员会办公室牌子；由工商、质监2个部门整合的，名称统一为“市场和质量监督管理局”。
市场监管局的职能范围是：
1、负责市场综合监督管理和知识产权管理。组织贯彻落实市场监督管理和知识产权有关政策法规，起草市场监督管理和知识产权有关规范性文件，制定有关政策、标准，组织实施质量强市战略、食品安全战略、标准化战略、知识产权战略。拟订并组织实施有关规划，规范和维护市场秩序，营造诚实守信、公平竞争的市场环境。
2、负责市场主体统一登记注册。负责市本级各类企业、外国（地区）企业常驻代表机构等市场主体的登记注册工作。组织指导全市各类企业、农民专业合作社和从事经营活动的单位、个体工商户等市场主体的登记注册工作。建立市场主体信息公示和共享机制，依法公示和共享有关信息，加强信用监管，推动市场主体信用体系建设。
3、负责组织和指导市场监管和知识产权综合执法工作。指导全市市场监管综合执法队伍建设，推动实行统一的市场监管。组织查处重大违法案件。规范市场监管和知识产权行政执法行为。
4、负责监督管理市场秩序。依法监督管理市场交易、网络商品交易及有关服务的行为。组织指导查处价格收费违法违规、不正当竞争、违法直销、传销、侵犯商标专利知识产权和制售假冒伪劣行为。
5、统筹推进竞争政策实施，指导实施公平竞争审查制度。依法对全市经营者集中行为进行监督，并依据委托开展调查。指导企业在国外（境外）的反垄断应诉工作。
工商行政管理局是政府主管市场监管和行政执法的工作部门。
主要职责
（一）负责市场监督管理和行政执法的有关工作，起草有关法律法规草案，制定工商行政管理规章和政策。
（二）负责各类企业、农民专业合作社和从事经营活动的单位、个人以及外国(地区)企业常驻代表机构等市场主体的登记注册并监督管理，承担依法查处取缔无照经营的责任。
（三）承担依法规范和维护各类市场经营秩序的责任，负责监督管理市场交易行为和网络商品交易及有关服务的行为。
（四）承担监督管理流通领域商品质量责任，组织开展有关服务领域消费维权工作，按分工查处假冒伪劣等违法行为，指导消费者咨询、申诉、举报受理、处理和网络体系建设等工作，保护经营者、消费者合法权益。
（五）承担查处违法直销和传销案件的责任，依法监督管理直销企业和直销员及其直销活动。
（六）负责垄断协议、滥用市场支配地位、滥用行政权力排除限制竞争方面的反垄断执法工作（价格垄断行为除外）。依法查处不正当竞争、商业贿赂、走私贩私等经济违法行为。
（七）负责依法监督管理经纪人、经纪机构及经纪活动。
（八）依法实施合同行政监督管理，负责管理动产抵押物登记，组织监督管理拍卖行为，负责依法查处合同欺诈等违法行为。
（九）指导广告业发展，负责广告活动的监督管理工作。
（十）负责商标注册和管理工作，依法保护商标专用权和查处商标侵权行为，处理商标争议事宜，加强驰名商标的认定和保护工作。负责特殊标志、官方标志的登记、备案和保护。
（十一）组织指导企业、个体工商户、商品交易市场信用分类管理，研究分析并依法发布市场主体登记注册基础信息、商标注册信息等，为政府决策和社会公众提供信息服务。
（十二）负责个体工商户、私营企业经营行为的服务和监督管理。
（十三）开展工商行政管理方面的国际合作与交流。
（十四）领导全国工商行政管理业务工作。
（十五）承办国务院交办的其他事项。
市场监督管理局由工商局、质监局、药监局、物价局等几个部门合并而成。而工商行政管理局是政府主管市场监管和行政执法的工作部门。
法律依据：
《市场监督管理行政处罚程序规定》
第一条 为了规范市场监督管理行政处罚程序，保障市场监督管理部门依法实施行政处罚，保护自然人、法人和其他组织的合法权益，根据《中华人民共和国行政处罚法》《中华人民共和国行政强制法》等法律、行政法规，制定本规定。
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