各大高校与出版机构频繁使用论文查重系统对论文进行抽检。然而，不合格的结果意味着论文存在较大的问题，那么我们该如何处理呢？
首先，出现不合格的论文必须进行全面的检查。在检查的过程中，需要判断论文是否存在抄袭行为，也需要审视是否存在其他知识产权侵权行为。如果论文存在抄袭行为，那么就必须要告知作者，并给予充分的时间进行修改，直到检测结果符合要求。对于存在其他知识产权侵权行为的问题，应当按照相关法律法规处理，避免出现严重的侵权问题。
另外，对于不合格的论文，相关学术机构也需要建立相应的惩戒机制。一方面，需要对论文作者进行严肃的警告，并以此制止以后的不当行为。另一方面，对于知识产权侵权行为还应当进行相应的行政或司法处罚，以示公正。
最后，为了提高学术研究的整体质量，以及保护学术公正性与研究成果的价值，我们还需要加强各方面的监管机制。学术界要加强自律，不断完善诚信守则，谴责侵权行为，不鼓励抄袭等有害行为。政府机关要加强知识产权的监管机制，完善法律法规，加大对知识产权的保护力度。