存货定额内自然损耗的部分，属于正常损失。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则释义》第二十四条 条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。
本条释义
本条规定了非正常损失的概念和范围。
新条例删除了自然灾害损失属于非正常损失的规定以及“其他非正常损失”的兜底条款，明确指出非正常损失只包括因管理不善造成货物被盗、丢失和霉烂变质发生的损失。
l、自然灾害损失往往是由于地震、台风、海啸等不可抗力造成的货物损毁形成的物质损失。因为损失的数额往往较为巨大，如不予以抵扣，纳税人的负担就较重。同时，自然灾害由于是不可抗力造成的，纳税人已经尽到保护货物的（法律上保全）的义务，不应再加以税款缴纳的负担。
2、其他非正常损失的范围在原细则中没有明确，在实际执行中，税务机关往往与纳税人之间就此发生争议，如果将正常损失误判为非正常损失，将带来不必要的行政成本，降低征管的质量。为减少争议，充分考虑保护纳税人的利益，新细则删去了这一规定。
3、从立法的严谨角度来看，应尽量避免自上而下的模糊授权，“其他非正常损失”的表述，未明确由哪一级税务机关确认具体范围，也未明确具体的含义。从立法的要求看，放大了基层税务机关执法的风险。从立法的角度讲，细则是财政部和国家税务总局制定的，有关条款的解释和限定应当由财政部和国家税务总局共同作出，不宜由各地自行理解并决定。财政部和国家税务总局作为细则的制定单位，没有必要在细则中为自己授权对具体条款进行解释，因此所谓“其他非正常损失”的兜底条款实无必要。