事实上，化石并不是证明生物进化的证据：
如果进化是事实，那么化石证据就一定会显示生物是逐渐由一种演变成另一种的。此外，倘若进化论的确基于事实，化石纪录就应该展示生物躯体新构造的初形如何才对。起码应该有一些化石具有仍在发展中的臂、腿、翅膀、眼睛，以及别的骨骼和器官。
关于这点，英国《新科学家》周刊就进化论说：“它预言会有一套完整无缺的化石纪录，由一个个有机体的谱系组成，证明发生过长时间循序渐进、连续不断的演变。”达尔文自己也扬言道：“以往存在过的中间变种的数目，一定非常庞大。”
然而，进化论者史蒂文•斯坦利（Steven Stanley）说，这些化石“就人类的生物学起源透露了令人惊奇的新资料”。《The New Evolutionary Timetable》 由三位进化论者合著的《生命一观》这本书补充说：“化石纪录中充满古生物学家所无法解释的趋向。”
那么，化石记录到底显示什么呢？
令这些科学家大惑不解的是，现存大量化石证据所透露的结果，跟达尔文当年的情形完全一样：生物的基本种类是突然出现的，而且经过很长时间也没有什么大改变。生物各大类之间从来就没有发现过什么过渡环节。这样看来，化石纪录所表示的，与进化论者所预期的刚好相反。
《新科学家》承认说：“很可惜，化石纪录却不如所料，因为个别物种的化石之间甚少有已知的中间类型加以连接。其实可考的化石物种看来经过千百万年也并没有进化。”
美国芝加哥《实地博物馆馆报》指出：“达尔文的［进化］理论一直被认为跟化石证据有密切关系。一般人也可能以为，支持达尔文的生物演化过程的论据，主要来自化石。可惜，这个看法不大正确。无论当时还是现在找到的地质记录，都不能证明生物是通过一连串缓慢而渐进的过程逐步进化的。物种在生物史上都是十分突然出现的，在纪录上全无改变的迹象，或者只有很少，然后就在纪录上忽地消失了。此外，下一代是否真的比上一代更加适应环境，也往往不很清楚，而事实上很少是清楚的。换言之，生物结构上的进步是很希罕的。”（第50卷，第1号，22-23页)
科学家希钦（Francis Hitching)——写道：“你若找寻各大类动物之间的连系，就会发觉根本没有这种连系存在。“令人出奇的，就是化石漏洞很有规律：在所有要紧的环节上都缺掉化石。”《长颈鹿的脖子》
古生物学家戴维•劳普（David M. Raup）说：“无论是在达尔文时代还是在今天，地质学家都发现：化石记录是断断续续的，物种在生物史上都是突然出现的，出现后没怎么改变，然后突然消失。”《Field Museum of Natural History Bulletin, “Conflicts Between Darwin and Paleontology”》
德国一本科学杂志（Factum）刊登了一篇文章讨论“化石：简陋的原始品种抑或发展完全的生物形式？”这个题目。该篇文章将目前的甲壳类动物与甲壳类化石作过比较之后，文章作者所获得的结论是：“我们从没有见到进化论时常试图寻得的简陋原始品种。每一种甲壳类化石均具有高度的组织及发展完全，与我们今日所见的品种无异。”那末该篇文章的作者对此有什么意见呢？“简陋的原始动物品种？较高级的甲壳类动物？这些东西只存在于我们的动物学教科书中。”
史蒂文•斯坦利（Steven Stanley）在《新编进化时间表》一书中写道：“纪录完全不能表示生物由一大类过渡到另一大类之间的逐渐转变。”他说：“已知的化石纪录无论以前、现在都是与［缓慢的进化过程］不一致的。”
达尔文则承认说：“各种类型都截然独特，异类之间又没有无数过渡性的环节将其连接起来。这都是明显的困难。”《The Origin of Species》
有好几种会飞翔的动物都有化石可考，其中包括鸟类、蝙蝠、绝了种的翼指龙。根据进化论，这些动物必然是从过渡性的祖先进化而成的。可是从来就没有这种过渡的类型被人发现过，连半点线索都没有。有没有任何长颈鹿的化石，脖子只有现在长度的三分之二或者四分之三呢？有没有任何雀鸟的化石，喙部正在由爬行动物的颚变出来呢？有没有任何鱼类的化石证据，展示鱼类正在发展出两栖动物的骨盆，或者有鳍刚要变成两栖动物的腿、足、趾呢？事实摆在眼前：要往化石纪录里找寻诸如此类在发展中的特征，是白费工夫的。
遗传学家斯特宾斯写道：“目前各主门动植物之间并无过渡类型。”他提到“各大类有机体之间存在着一个个深沟”。《Processes of Organic Evolution》, 147页。“事实上，”《新编进化时间表》说，“化石纪录在不同物种之间连一个确确凿凿的过渡连环也不能够提供出来。而且，各种生物都存在了长得惊人的时间。”
这一点符合伦敦地质学会和英国古生物学协会所作的大规模研究。自然科学教授约翰•穆尔就研究所得提出报告说：“有120位全是做专门研究的科学家，合写了一部厚800页共分30章的巨著，胪列动植物的化石纪录，把物种分成大约2500组。研究显示，各大种、类的动植物都自有一个与别的种、类毫不相混的独特历史！各组动植物都是在化石纪录中突然出现的。鲸类、蝙蝠、马类、灵长类、象类、野兔、松鼠等等，全部都截然不同，由最初出现直到现在都是这样。纪录中丝毫没有共同始祖的痕迹，至于和所谓的祖先——爬行动物——就更不用说有什么连系了。”《进化论应该被教导?》 9, 14, 24页
航天工程师卢瑟•萨瑟兰（Luther D. Sutherland）在其著作《达尔文之谜》一书中写道：“科学证据显示，每逢有不同品种首次在地球上出现，不论小至单细胞生物，大至人类，都是一出现就已经是完整的，其中的器官和组织都是完整而且功能齐全。这样的事实使我们不得不提出以下的推论：当生命在地球上首次出现之前，某种智慧已经存在。”
在美国俄勒冈州大学取得博士学位的物理化学家唐纳德•奇蒂克（Donald E. Chittick）评论说：“假如你直接察看化石记录，就会同意创世记所说，动物都是各从其类地繁殖的，并没有由一种生物变成另一种生物。现在所掌握的证据，跟达尔文时代所掌握的一样，都与创世记记载的直接创造互相吻合。动植物不断各从其类地繁殖。事实上，古生物学和达尔文进化论的分歧实在太大了。因此，有些科学家开始相信，那些失落的环节是永远也找不到的。”
动物学家科芬（Coffin）说：“对不信宗教的科学家来说，化石——古代生物的遗迹——就是最高的终审法庭了，因为化石纪录是科学上惟一信而有征的生物历史。如果化石历史与进化论有出入的话——而我们的确看见两者有出入——这表示什么呢？这表示植物和动物的基本类型都是创造出来的。化石纪录的基本事实支持创造而非进化。”《自由》，14页。
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