公元208年，曹操操纵朝政，自任丞相，总揽军政大权，遂要华佗尽弃旁务，长留府中，专做他的侍医。这对以医济世作为终身抱负的华佗来说，要他隔绝百姓，专门侍奉一个权贵，自然是不愿意的。何况，曹操早年为报父仇，讨伐徐州的陶谦，坑杀徐州百姓数万人，尸体壅塞，泗水为之不流，接着又连屠取虑、夏丘诸县，所过“鸡义亦尽，墟邑无复行人”。徐州是华佗后期行医和居住之地，与百姓休戚与共，内心岂不愤慨！因而决心离开曹操，便托故暂回家乡，一去不归。曹操几次发信相召，华佗均以妻病为由而不从。曹操恼羞成怒，遂以验看为名，派出专使，将华佗押解许昌，严刑拷问。面对曹操的淫威，华佗坚贞不屈，矢志不移。曹操益怒，欲杀华佗。虽有谋士一再进谏，说明华佗医术高超，世间少有，天下人命所系重，望能予以宽容，但曹操一意孤行，竟下令在狱中处决。华佗临死，仍不忘济世救民，将已写好的《青囊经》取出，交狱吏说：“此书传世，可活苍生。”狱吏畏罪，不敢受书。华佗悲愤之余，只得将医书投入火中，一焚了之。后来，曹操的头风病几次发作，诸医束手，他仍无一丝悔意，还说，“佗能愈吾疾，然不为吾根治，想以此要挟，吾不杀他，病亦难愈。”直到这年冬天，曹操的爱子曹冲患病，诸医无术救治而死，这时曹操才悔恨地说：“吾悔杀华佗，才使此儿活活病死。” 三国志原文：佗之绝技，凡此类也。然本作士人，以医见业，意常自悔，后太祖亲理，得病笃重，使佗专视。佗曰：“此近难济，恒事攻治，可延岁月。”佗久远家思归，因曰：“当得家书，方欲暂还耳。”到家，辞以妻病，数乞期不反。太祖累书呼，又敕郡县发遣。佗恃能厌食事，犹不上道。太祖大怒，使人往检。若妻信病，赐小豆四十斛，宽假限日；若其虚诈，便收送之。于是传付许狱，考验首服。荀彧请曰：“佗术实工，人命所县，宜含宥之。”太祖曰：“不忧，天下当无此鼠辈耶？”遂考竟佗。佗临死，出一卷书与狱吏，曰：“此可以活人。”吏畏法不受，佗亦不强，索火烧之。佗死后，太祖头风未除。太祖曰：“佗能愈此。小人养吾病，欲以自重，然吾不杀此子，亦终当不为我断此根原耳。”及后爱子仓舒病因，太祖叹曰：“吾悔杀华佗，令此儿强死也。” 译文：华佗卓绝的医技，大都象以上所说的那样。然而他本是读书人，却被人看成是以医术为职业的，心里常感懊悔。后来曹操亲自处理国事，病情更加严重，就让华佗专门为他个人看病。华佗说：“这病近乎难以治好，不断地进行治疗，可以延长一些寿命。”华佗长期远离家乡，想回去看看，就对曹操说：“刚才收到家中来信，正想短时回家一趟呢。”到家后，用妻子有病为借口来推托，多次请求延长假期不肯回来。曹操几次用书信召他，又命令郡县派人遣送华佗返回。华佗自恃有才能，厌恶吃侍候人的饭，还是不上路。曹操很生气，派人前往查看：如果他妻子确实生病，就赐赠四十斛小豆，放宽假期；如果他虚假欺骗，就逮捕押送他回来。因此把华佗递解交付许昌监狱，拷问要他服罪。荀彧向曹操求情说：“华佗的医术确实高明，关系着人的生命安危，应该宽容赦免他。”曹操说：“不用担心，天下会没有这种无能鼠辈吗？”终于判决了华佗死罪。华佗临死前，拿出一卷医书给守狱的官吏，说：“这书可以用来救活人。”狱吏害怕触犯法律不敢接受，华佗也不勉强，讨火来把书烧掉了。华佗死了以后，曹操脑神经痛仍旧没有好。曹操说：“华佗本来能够治好这种病。这小子有意留着我的病根，想借此来抬高自己的地位，既然如此，如果我不杀掉他，他最终也不会替我断掉这病根的。”直到后来他的爱子仓舒病危，曹操才感叹地说：“我后悔杀了华佗，使这个儿子活活地死去了。”
三国演义与三国志还是有许多地方不同的，如果楼主要研究正史就一定要以三国志为准。毕竟三国志是官方史书啊。
参考资料：百度百科-华佗词条 ;三国志-华佗传