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R语言中怎么安装fasta program,急求
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第1个回答 2015-09-16
安装seqinr包,利用read.fasta函数可以读fasta格式的数据本回答被提问者采纳
相似回答
使用
R语言
将
fasta
转phylip格式
答:
先
安装
依赖
的
包(要先装BioConductor):假设
fasta
文件名为: aligned_fasta.fasta 读取fasta文件,转化:结果文件为out.phy 注意:生成out.phy
里,
第一列序列名和第二列序列只有一个空格,而mcmctree要求两个以上,所以需要人工加多一个空格.也可以用shell命令生成:
R语言里面
的文本文件操作技巧合辑
答:
在生物信息学中,GMT文件
的
特殊格式需要使用readLines()读取后手动解析,如`gene_sets <- lapply(strsplit(readLines("gmt_file.txt"), "\t"), function(x) x[2:ncol(x)])`。对于常见的文件格式转换,如FASTQ到
FASTA,
可以利用Bioconductor的ShortRead包,如`fastq_data <- ShortRead::import("...
minimap2序列比对(pfa
r
包可视化)
答:
在minimap2安装与软件使用案例方面
,安装
过程相对简单,可以利用bioconda完成。使用时,输入文件通常为fastq或
fasta
格式的测序数据,而参考基因组则以fasta格式提供。minimap2支持输出paf或sam格式的结果,默认为paf格式。在比对序列后,可视化比对结果成为重要步骤。
R语言中
的pafr包提供了一种直观的方式来展示比...
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