第1个回答 2022-07-24
使用paml软件里的mcmctree功能需要phylip格式的比对结果,找了以下,发现用R包phylotools转化最方便，另外提醒一下要用mcmctree的朋友，我发现mcmctree的序列名字长度不能超过50个字符，如果超出的话，建议先改名字再转化。
先安装依赖的包（要先装BioConductor）：
假设fasta文件名为: aligned_fasta.fasta 读取fasta文件，转化：
结果文件为out.phy
注意:生成out.phy里,第一列序列名和第二列序列只有一个空格,而mcmctree要求两个以上,所以需要人工加多一个空格.
也可以用shell命令生成: