农村合作医疗可以通过支付宝缴费：点击“支付宝”启动应用，在左下角方【城市服务】点击，选择需要处在的城市之后，在办事大厅栏中选择【医保】--选择【居民医保缴费】进入页面显示案例即可。
1.农村合作医疗APP缴费步骤
第一步：进入全国社保局在线查询，选择地方官网进入并下载当地人社app，也可以登录所在地区人力资源社会保障局官网，然后在官网首页扫码下载“xx地人社手机APP”。
第二步：下载并安装到手机上后，点击“城乡居民医保缴费”选项，然后点击“继续”；
第三步：登入个人账号，准确无误地输入身份证号码，并选择缴费年度；
第四步：确认缴费信息无误后，点击确认缴费，最后选择支付应交费用即可。
2.农村合作医疗微信缴费步骤
打开手机微信，点击右下角【我】，点击【支付】，进入生活缴费，选择城市，再点击社保缴费即可，目前只有部分城市开通了这项功能，可以留意自己的微信有没有这项功能。
3.农村合作医疗支付宝缴费步骤
在手机上打开“支付宝”应用，没有的需要提前下载好，然后在左下角方【城市服务】点击，选择需要处在的城市之后，在办事大厅栏中选择【医保】，选择【居民医保缴费】进入页面显示案例即可。
4.农村合作医疗线下缴费步骤
缴费时间到了，村上干部会组织统一收费，有些直接上门收费，把保费直接交给村干部即可。
法律依据
《国家卫生计生委、财政部关于新型农村合作医疗异地就医联网结报的补充通知》第三条、规范异地就医结算资金支付流程
参合人员经规范转诊跨省异地就医时，出院只需支付个人自付费用，定点医疗机构先行垫付异地就医结算补偿费用。定点医疗机构定期向就医地省级新农合经办机构提交回款材料，申请垫付资金回款。就医地省级新农合经办机构审核定点医疗机构的垫付资金申请材料，按照核定金额定期向定点医疗机构拨付异地就医结算补偿费用。对于部分占用资金较多的定点医疗机构，就医地省级经办机构可以向其预付部分资金。
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