秦始皇焚书坑儒，坑的都是一些方士，很多人可能以为秦始皇焚书坑儒，坑杀的都是一些读书人，但事实上并非如此，秦始皇虽然专职，但并不是一个昏君，能够一统天下的人又怎么会是等闲之辈呢？他虽然不喜欢读书人，但也不至于坑杀他们，秦始皇坑杀的其实都是一些招摇撞骗的一些方士，在秦始皇时期，长生不老可以说是当时最热门的话题了，也是每个人都渴望的事情，而在当时就有一些方士说自己可以使人长生不老，这是秦始皇一生都在追求的事情，所以便把这些方士请到宫中，对他们也是有求必应，但他们最后却拿着钱跑了。
不仅如此他们还在私下里说秦始皇贪恋权势，并且独裁，也正是因为如此才使秦始皇暴怒，将这些方士全部坑杀，并且把他们有关联的儒生和方士也一起坑杀了，其中牵涉了大概460余人，这就是历史上非常著名的焚书坑儒，但秦始皇烧毁的确实是儒家的一些书籍，例如《诗》、《书》、《礼》、《乐》等等，秦始皇确实不喜欢儒家的思想，但其实这也是有原因的，秦始皇刚开始对儒家并不是很反感，因为儒家的有些思想和他的想法是不谋而合的。
但当时的儒生们通常都只会纸上谈兵，而且儒家思想并不是很适合那个时代，秦始皇也曾想重用儒家，但每次交给他们的事情，他们却都办不成，只会讲一些大道理，如果只是这样秦始皇也不至于会讨厌他们，这些儒生们偏偏还喜欢找存在感，总是推崇古制而反对秦始皇的意见，久而久之秦始皇自然不高兴了，所以才会焚烧和儒家有关的书籍。
但其实当时都是留有备份的，焚烧都是当时百姓家里私藏的儒家书籍。
公元前213年，秦始皇嬴政在咸阳宫举为行盛大宴会。当时参加宴会的，除了朝廷的文武大臣，还有七十个博士。史书和民间宴会上，仆射周青臣向始皇帝敬献了他的颂词。颂词的大意是说，秦国过去不过方圆千里，而今海内平定了，始皇帝犹如日月，光芒普照，六国的土地，如今已是秦朝的郡县，人民安康幸福，再也不会受战争祸害;秦朝的天下，从此也可以一代一代地永远听了周青臣的赞美，赢政喜不自胜。
但与会的一个名叫淳于越的博士,听了周青臣对始皇帝的这一番奉承， 却怎么也坐不住了，起身大唱反调。他说:“没有辅弼，发生变乱时谁来救朝廷呢？”秦丞相李斯反对，他认为时代变化，制度应该随之变化，不应该以古非今。李斯建议：“史书只保留秦国史书，其他国家的史书都焚毁；《诗经》、《书经》及诸子百家之书只有博士官可以保留，民间的都限期交出烧毁；医药、卜筮、农业之书民间可以保留；想学法律的人以官吏为师。”秦始皇下旨同意。史称“焚书”。
方士卢生、侯生,因为寻找不到始皇帝要的仙人仙药，心里害怕，担心总有一天会被始皇帝杀掉。在散布了对始皇帝的种种不满之后,他们终于跑得无影无踪了。赢政听说这两个人跑了，还说了自己许多的坏话，不禁大怒，下令逮捕严办。涉案者在审理时则向外指控毁谤始皇言论的来源，前后指控出四百六十余人；秦始皇在盛怒中下令，将涉案者四百六十余名坑杀在咸阳。
“坑儒”一词出处是西汉孔安国（孔子十二世孙）《〈尚书〉序》：“及秦始皇灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士逃难解散。”在此之前《史记·儒林列传》的说法是“及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉”。
依《儒林列传》记载“及至秦之季世，焚诗书、坑术士”，认为遭坑杀者的确不是儒生、而是当时涉案的术士。有评论认为当时之术士与儒生相等，也有指当代儒生多兼任术士的说法。
汉学家乌尔里希·内因格尔的文章《坑儒：论儒生殉难之说的起源》认为《剑桥中国秦汉史》说道：“焚书次年，秦始皇未曾集中杀害一批士人，所谓坑儒，纯系传说，并非史实。”
2010年李开元发表《焚书坑儒的真伪虚实—半桩伪造的历史》一文，提出坑儒的四个疑点，认为司马迁错误使用了史料，他的论文就认为秦始皇坑杀的就是一批方士，而不是一批儒生。