59集 第一次购物杀人事件
剧情简介：清洁公司的董事藤井被楼上掉下的重物砸死，警察在尸体旁边发现了一个没有指纹的口风琴，柯南认为这并不是简单的意外事件而是谋杀，警察去清洁公司社长中山的办公室进行调查时，这里的监视器引起了柯南的兴趣，在对监视器进行了简单的操作后和摄影内容简单回查后，凶手浮出水面。
61集 幽灵船杀人事件(前篇)
剧情简介：七年前载满相当于十亿日元金子的竜神号，突然出现在敷岛海面。以幽灵船为噱头的村长三上邀请小五郎来演讲，而他的真正目的是拜托小五郎找到金子的所在。演讲时，小五郎差点丧命讲台，凶手很有可能是岛上的守卫浜田，和旅行社职员上原，两人也似乎是旧识。当晚小五郎一路追踪袭击他的武士，却被人打晕掉入了凶手的陷阱，成了杀害浜田的凶手。
62集 幽灵船杀人事件(后篇)
剧情简介：就在警察要强行带走小五郎时，柯南在机械室和浜田的尸体上发现的有力证据帮他洗清了嫌疑，而目前最有可能杀人的就是上原，当大家要暗中逮捕上原时，木下出面说自己去劝他自首，五分钟后，屋内响起枪声，上原射伤木下逃跑。柯南重新回到竜神号调查并和铃一起进入海军山洞，却在这里发现上原的尸体
65集 螃蟹和鲸鱼绑架事件
剧情简介：在酒店吃饭时，一个神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟踪并进一步询问得知，此人名叫远藤，他的儿子被人绑架，为保儿子安全而没有报警，小五郎决定帮他。次日，犯人打来电话要钱，远藤听到了儿子说有螃蟹和鲸鱼，这是找到犯人据点的唯一线索，小兰、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鲸鱼的地方，柯南想起了漏掉的线索，顺利找到有「螃蟹和鲸鱼」的地方，将人质解救。
76集 柯南VS怪盗基德
剧情简介：茶木警官让所有宾客互相做暗号，防止基德混入其中，这时，船内突然暗了下来，光束中基德出现，铃木夫人毫不犹豫开枪射向他，一片混乱中，铃木夫人解释这是她请来的真田魔术师，小兰在纸牌魔术中抽到了基德的留言，而这时一颗颗散落的珍珠在地上爆炸，宾客们躁动不安，戴在铃木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉着小兰来到机房说他已知道谁是基德
80集 流浪画家杀人事件
剧情简介：打棒球时，元太不小心伤到一名流浪画家，送到医院检查才知道他失去了记忆，后来画家悄悄离开。几日后，画家的尸体被发现，为调查真相，少年侦探团出动，他们按照画家的素描找到了一户叫早濑的家中，主人热情招待这群孩子，柯南留意到这位夫人丈夫的遗像和死者很相像，进一步调查后，他将银杏、窗户、烧焦的痕迹、带眼镜的被害者、墙壁上的画串联起来，没错！凶手就是她。
81集 当红歌星绑架事件(前篇)
剧情简介：少年侦探团，在机缘巧合下和最受欢迎组合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃饭，高山为找搭档永野椎菜，一人跑出了演唱会的会场。后来在餐厅外，歹徒当着柯南的面将高山推入车中绑架，他们要求少年侦探团拿着TWO-MIX最新的歌曲练习带去交换人质，歹徒在电话里让少年侦探团把警察甩掉并让步美一人前去，于是柯南和步美调换身份。
82集 当红歌星绑架事件(后篇)
剧情简介：柯南离开时虽交代元太他们把追踪眼镜交给警方，但想要立功的侦探团却私自行动，并利用眼镜找到柯南的位置，正要打电话报警的时候被歹徒发现。眼看就能将TWO-MIX解救，柯南却因元太等人的绑架，再度落入敌人手中，他戳穿歹徒想要练习带的目的后，歹徒恼羞成怒点燃屋内的汽油，柯南等人能否成功逃脱？
104集 盗贼集团别墅事件(前篇)
剧情简介：某天，小五郎收到一封请求信，一个叫中村操的人说他搬进继承的别墅之后，就碰到很多诡异的事情，到达后，柯南发现这个别墅确实充满谜团，大门扶手缺少的雕像，别墅里随处可见动物时钟，所有数字型时钟相同的刮痕，在屋顶的阁楼里好像有人，跟十年前疾风窃盗集团有关的新闻资料，高尔球袋上的DEMON字样，另外，还有从鸽子时钟里出来的恐怖妖怪，解开这些谜团的钥匙在哪里呢？
105集 盗贼集团别墅事件(后篇)
剧情简介：柯南注意到恐怖妖怪的头上分别有「R」「L」「N」三个字母，并将数字时钟上被划痕分开的11：0结合起来，解开了屋内的谜题，在他的提醒下，小五郎也逐渐的明白了这些暗号的含义，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗号，再次回到了鸽子时钟下面，让他们惊讶的是这次从时钟里出现的不是妖怪而是……
112集 帝丹小学七大离奇事件
剧情简介：学校里最近发生了很多诡异的事情，而且教导主任在没请假的情况下也消失了好几天，当柯南向老师和校长问及此事时，大家也都避而不语，为调查真相少年侦探团夜探帝丹小学，附有学生名字的娃娃，移动的人体模型，窗户后面的黑影，楼梯上的烟雾和扶手上的红色颜料，以及自己班级里突然出现的十几个黑影，虽然这一切看似扑朔迷离，但是真相只有一个。
129集 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
剧情简介：柯南的班级转来了一个叫灰原哀的女生，而同一天少年侦探队也收到了同校俊野帮忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家进行调查，发现了一张夏目漱石的肖像画，俊野说曾有一个黑衣女人很赏识这幅画，听到这些，柯南马上联想到了黑衣组织，便急忙带领侦探队走街串巷的寻找线索，期间，在便利店遇到的一个使用假钱的男子引起他的注意，于是，一路尾随，推理出了这名男子的去向。
346集 寻找屁股上的印记(前篇)
剧情简介：小五郎带着柯南和小兰到东都国技馆观看无敌假面角斗士狼人的竞技表演。之后柯南他们在会场上遇到的大神敬晴知道狼人的实际身份。但是，就在比赛开始前，突然发现了狼人的对手永濑豹太被刺杀后的尸体。而在凶案现场发现了隐形录像里录下了凶手的样子！戴着面具的凶手的通过体型的判断被确定为四个人人之中。
347集 寻找屁股上的印记(后篇)
剧情简介：但是覆面角斗士狼人的对手永濑豹太在休息室被发现。从犯罪时拍摄下来的录像带里目暮警部判定以狼人、牛込严、佐熊浩之、野狼4名角斗士为嫌疑犯进行询问。另一方面，柯南看到录像带里拍到的犯人的后脑，注意到不自然的地方并由此推断出了凶手的真实身份。而正因为对于面具的不适应暴露了凶手的真实身份。录影带里的证据面前凶手最终承认自己的罪行。
350集 被遗忘的手机(前篇)
剧情简介：朱蒂准备辞去学校英语老师工作回美国。小兰和园子为朱蒂举办了送别晚会，在去找中学同学七川的时候却发现她正被打工的便利店里的训斥。为了洗清朋友小偷的嫌疑，小兰她们开始寻找没有留下一点痕迹的小偷。但是从监控录像和店长的证词中都没有小偷的踪影，而店长也准备把七川送到警察局！
351集 被遗忘的手机(后篇)
剧情简介：正当小兰她们陷入困境的时候新一却打来了电话，小兰在电话里说明了现场的情况并指出有三个奇怪的客人借用过便利店的厕所。但是，货物不见的那天，按规定只有七川值班。在新一的引导下小兰确定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店长以偿还偷盗物品为由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。
509集 红白黄色与侦探团
剧情简介：30年前，庄堂胡桃被一位少年从车祸中救回一命，如今，她想把偶然中得的一亿奖金转送给自己的恩人，线索就是少年身上巨大的疤痕以及夏日海滩的记忆，期间，有两名男子前来认领，为了辨认谁才是正牌货，柯南他们来到了庄堂家，没想到在这里碰到了正在追查快要超过追诉期的杀人案的目暮警官，因为那名凶手身上也有一道伤痕。当晚，小五郎泡澡的时候，发现管家保谷泰辅背上有一道伤痕，胡桃回忆中的少年究竟是谁呢？
510集 柯南vs双重暗号之谜
剧情简介：柯南、小兰和小五郎一起去逛商场，没想到书店附近传来了一声尖叫，只见一名男子浑身是血昏倒在地，接到电话的警方火速赶到并立刻封锁现场，期间柯南和偶遇的灰原从一名小偷那里得知了歹徒的些许信息，之后，二人又对楼上的牙科诊所进行了调查，根据搜集到的信息，他们锁定了目标，就在歹徒企图再次伤人时，警察及时赶到。
511集 推理对决！新一VS冲矢昴
剧情简介：平次和柯南打电话的时候，讲起了自己在初中时期遇到的一个未曾谋面的劲敌。当时，平次和同学们一起来山里滑雪，不想遇见一起命案，而死者正是著名演员箕轮奖兵，这起案件与四年前曾在这里发生过的命案极其相似，受害者都是死在缆车上并且身边的背包里全是雪。在调查过程中，服部总会从别人口中听到一个同样参与破案的初中生，而这个人正是工藤新一，服部不由和这个“隐形”对手较起了劲。
001 云霄飞车杀人事件（新一）
002 社长千金诱拐事件
010 足球选手恐吓事件（新一）
012 步美被绑事件
013 奇怪的寻人事件
020 鬼屋杀人事件
032 咖啡厅杀人事件（与妃英里一起）
033 侦探团生还事件
042 卡拉OK歌厅杀人事件（新一）
043 江户川柯南诱拐事件
050 图书馆杀人事件
059 第一次购物杀人事件
061 幽灵船杀人事件(前篇)
062 幽灵船杀人事件(后篇)
065 螃蟹和鲸鱼绑架事件
076 柯南VS怪盗基德
080 流浪画家杀人事件
081 当红歌星绑架事件（前篇）
082 当红歌星绑架事件（后篇）
104 盗贼集团别墅事件（前篇）
105 盗贼集团别墅事件（后篇）
112 帝丹小学七大离奇事件
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇)
135 消失的凶器搜索事件
136 青色古堡探索事件(前篇)
137 青色古堡探索事件(后篇)
140 SOS！步美传达的讯息
144 上野出发的北斗星3号(前篇)
145 上野出发的北斗星3号(后篇)
153 园子的夏日海滩冒险物语(前篇)
154 园子的夏日海滩冒险物语(后篇)
162 飞天密室 工藤新一最初的事件（新一）
163 月亮、星星与太阳的秘密(前篇)
164 月亮、星星与太阳的秘密(后篇)
165 少年侦探队消失事件
176 与黑暗组织的再会(灰原篇)
177 与黑暗组织的再会(柯南篇)
178 与黑暗组织的再会(解决篇)
190 危命的复活 第三个选择 （新一）
191 危命的复活 黑衣骑士 （新一）
192 危命的复活 新一回来了（新一）
193 危命的复活 约定的场所（新一）
199 嫌疑犯，毛利小五郎(前篇)
200 嫌疑犯，毛利小五郎(后篇)（与妃英里一起）
212 松茸、熊与侦探队(前篇)
213 松茸、熊与侦探队(后篇)
217 目暮尘封的秘密(前篇)
218 目暮尘封的秘密(后篇)
225 生意繁盛的秘密
230 谜一样的乘客(前篇)
231 谜一样的乘客(后篇)
238 大阪3K事件(前篇)
239 大阪3K事件(后篇)
249 偶像们的秘密(前篇)
250 偶像们的秘密(后篇)
252 在图画里面的绑架犯
258 来自芝加哥的男子(前篇)
259 来自芝加哥的男子(后篇)
269 犯罪的遗物 (前篇)
270 犯罪的遗物 (后篇)
271 急忙掩饰的忽略(前篇)
272 急忙掩饰的忽略(后篇) （与茱蒂一起）
277 英语教师VS西部名侦探(前篇) （与平次一起）
278 英语教师VS西部名侦探(后篇)
286 工藤新一纽约事件(事件篇)（新一）
287 工藤新一纽约事件(推理篇)（新一）
288 工藤新一纽约事件(解决篇)（新一）
289 迷惘森林中的光彦(前篇)
290 迷惘森林中的光彦(后篇)
304 震动警视厅 1200万名人质
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）（里面有一个比较小的劫匪的案子）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）
312 夕阳染红的女儿节人偶(前篇)
313 夕阳染红的女儿节人偶(后篇)
325 火焰中的红马(事件篇)
326 火焰中的红马(搜索篇)
327 火焰中的红马(解决篇)（与平次一起）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案
346 寻找屁股上的印记(前篇)
347 寻找屁股上的印记(后篇)
350 被遗忘的手机(前篇)
351 被遗忘的手机(后篇)
356 怪盗基德的惊异空中步行
357 恋人是春天的幻影
376 限时15时
383甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔（与平次一起）
394 怪屋大冒险(封印篇)
395 怪屋大冒险(操纵篇)
396 怪屋大冒险(解决篇)
401 宝石抢匪现行犯(前篇)
402 宝石抢匪现行犯(后篇)
403 不可思议的天使之馆(前篇)
404 不可思议的天使之馆(后篇)
406 柯南和平次的推理魔术(装置篇)
407 柯南和平次的推理魔术(公馆篇)
408 柯南和平次的推理魔术(解决篇)（与平次一起）
409 同时进行的舞台表演和绑架(前篇)
410 同时进行的舞台表演和绑架(后篇)
411 神社鸟居之惊悚暗号(前篇)
412 神社鸟居之惊悚暗号(后篇)
421 银杏色的初恋(前篇)
422 银杏色的初恋(后篇)
427 超秘密的上学路(前篇)
428 超秘密的上学路(后篇)
431 本厅刑事恋爱物语7(前篇)
432 本厅刑事恋爱物语7(后篇)（勉强算是的）
435 聚焦侦探团的取材(前篇)
436 聚焦侦探团的取材(后篇)
437 上户彩和新一 4年前的约定
454 颠倒的场景(前篇)
455 颠倒的场景(后篇)
457 园子的红手帕(前篇)
458 园子的红手帕(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
472 工藤新一少年的冒险(前篇)
473 工藤新一少年的冒险(后篇)
479 和服部平次在一起的3天（与平次一起）
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决（新一）
509 红白黄色与侦探团
510 柯南vs双重暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
515 怪盗KID的瞬间移动魔术
516 风林火山 迷宫的铠甲武士
517 风林火山 阴和雷霆的对决（与平次一起）
521 杀人犯、工藤新一 （新一）
522 新一的真面目与兰的眼泪 （新一）
523 真正想问的事 （新一） 530 都市传说的真相（前篇）
531 都市传说的真相（后篇）
532 初恋的伤痕
533 呼唤过去的伤痕
534 新伤痕与吹口哨的男人
535 旧伤痕和刑警之魂
537 怪盗基德VS最强金库（前篇）
538 怪盗基德VS最强金库（后篇）
542 让鱼儿消失的一角岩（前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩（后篇)
545 雾中尖叫的魔女(前篇)
546 雾中尖叫的魔女(后篇)
547 与犯人共度的两天(第一天)
548 与犯人共度的两天(第二天)
551 犯人是元太的父亲(前篇)
552 犯人是元太的父亲(后篇)
557 与危险的二人同行
558 死亡之馆 赤壁(三顾之礼)
559 死亡之馆 赤壁(掌中物)
560 死亡之馆 赤壁(孔明之死)
561 死亡之馆 赤壁(空城计)
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默
566 搭档是圣诞小子
568 白鸟警部 樱花的回忆（前篇)
569 白鸟警部 樱花的回忆（后篇）
571 妖怪仓库中的夺宝战斗（前篇）
572 妖怪仓库中的夺宝战斗（后篇）
573 难为情的护身符的去向（前篇）
574 难为情的护身符的去向（后篇）（与平次一起）
578 召唤危机的红色凶兆
579 黑与13的暗示
580 逼近黑色时刻
581 红色的摇摆目标
p.s：（新一）是表示以新一的身份破案，可能不是很完整，不过基本上就是这些.本回答被提问者采纳
522
523
524