中药材的繁殖和农作物一样可采用有性（种子）繁殖和无性（营养器官）繁殖，繁殖方法也基本相似，种子的播种深度也以种子大小为依据，即大粒种播深点，小粒种播浅点，种子寿命多数约一年左右，中药材多数种类人工栽培的历史还不算太长，有许多药材的种子还保留较强的野生性状，如柴胡、射干、五味子等种子的发芽率较低，发芽时间较长，很不整齐；甘草、黄芪种子因种皮坚硬不透水，需采取一些方法处理，触伤种皮，使种皮透水才能发芽，最简单有效的方法是用碾米机碾撞种子其发芽率可达90%以上；有的种子因种胚尚未成熟，如人参、西洋参、黄连、金莲花等种子采收后种胚还未形成，需进行湿沙藏到秋末，冬初种胚形成，种子裂口，还要再给冬季的自然低温再进行后熟处理，到第二年春才能发芽，否则不发芽。
中药材大约有35%采用无性繁殖，如采用鳞茎繁殖的有贝母、百合；球茎繁殖的有藏红花；根状茎繁殖的有款冬、薄荷；块茎、块根繁殖的有半夏、地黄；分根繁殖的有芍药、玄参等。它们的栽种期，一般在休眠期或幼芽开始生长前。此外，还可以采用枝条作扦插、压条和嫁接等。
为什么要在休眠期栽种呢？
在休眠期栽种容易操作，且栽后遇到适宜温湿度就能及时生根发芽，出苗茁壮。而生根发芽以后再栽，容易碰伤根和芽，操作不便，出苗弱，加上晚栽，生长期短，产量也不高。
一般无性繁殖比用种子繁殖生长快，产量高，生长年限短，并能保持母本优良种性，如银杏用种子繁殖约20年才能结果，如用良种嫁接后，5年左右即可结果，山茱萸种子繁殖需10年左右结果，采用嫁接，一般3～5年可开花结果，同时果大产量高。
长期采用无性繁殖，是否会引起退化，如何防止退化？
有些药材长期采用无性繁殖容易引起退化。防止退化的方法很多，常用的方法有：选优去杂；采用有性繁殖或杂交进行品种复壮；利用茎尖培养无病毒植株；异地调种或改变季节培育幼嫩种栽等。要根据引起退化的原因，采取不同方法。如地黄，古老的栽种方法是在秋季收地黄时，把块大的收作药用，小的（小的多为劣种）才选作种用，加上栽种时间长，组织老化，生活力较弱，生长差，越种越小。后来采用倒栽留种法，即春栽地黄到7月中下旬将块根挖出重新再种，到第二年春季栽地黄时再挖出来作种栽用。这种方法培育的种栽，在地里生长的时间短，组织较幼嫩，从遗传学的观点看，是比较年幼的，生活力强，栽后生长迅速，抗病力较强，结合经常注意选优去杂，即可以有效地防止退化，提高产量。