胸外科 南京市医学重点专科。现有高级职称 4 人，硕士生导师 3 人， 90% 医师拥有硕士学位。编制床位 60 张。 1996 年开展的电视胸腔镜手术，在华东地区一直处于领先水平； 2004 年成功地为两例终末期慢性阻塞性肺病患者实施了单肺移植、对侧肺减容术，填补了南京地区人体肺移植技术的空白； 2004 年成功开展了省内首例电视纵隔镜手术。在气管、支气管及肺外科领域其技术水平与国际接轨。
心脏外科 医疗特色：
1、可以完成包括非体外循环、心脏不停跳冠脉搭桥术在内的各种冠心病手术，费用多在3.5-4.5万元。
2、微创手术色我科的另一个特色，范围扩展到包括体外循环下先心病的纠治、瓣膜置换、导管结扎、肺疾患、胸外伤等手术中。
3、先天性心脏病合并重度肺动脉高压是国际上公认的手术禁忌症，我们成功的挽救了半数以上被外院认为无法治疗的病人。
4、瓣膜成形术达到国内领先。包括对主动脉瓣、二尖瓣、三尖瓣肺动脉瓣，甚至因细菌性心内膜炎使瓣膜损伤非常严重的情况下的瓣膜修复。对巨大心脏心功能IV级病人的多瓣膜置换。
5、对常见的先天性心脏病如房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、肺动脉狭窄等，我们的手术成功率达到99.5%以上。
6、对复杂先天性心脏病，如法乐氏四联症、心内膜垫缺损、肺静脉畸形引流等的治疗水平已达到国内先进。
7、熟练的完成对大血管的疾病如主动脉缩窄、动脉瘤和心脏粘液瘤等的手术治疗。
8、对漏斗胸、鸡胸等胸廓畸形，有独特的手术治疗方法。
心血管病中心 2005年，南京胸科医院正式加入南京鼓楼医院集团。2006年初，南京鼓楼医院心胸外科、南京胸科医院心脏外科和心脏内科共同成立南京鼓楼医院集团心血管病中心。该中心将设在胸科医院新病房大楼，每年完成体外循环心脏手术700例左右，手术成功率98%以上，无论手术数量、质量均居于江苏省前列。
南京鼓楼医院集团心血管病中心致力于医疗理念的创新，改变以往心脏内外科各自为战的局面，在华东地区率先建立心血管内外科一体化的医疗模式，充分发挥鼓楼医院和胸科医院的人才群体效应和团队优势，病人从挂号开始，便能享受心脏内外科专家提供的一站式服务，通过内外科一起研讨，为病人确定个体化的优选治疗方案，提供优化的服务，实现内外科的充分联合。
心血管内科 心内科在治疗顽固性心力衰竭、严重心律失常，在以冠脉介入为主的心脏介入新技术等方面逐步形成了自己较强的专科特色和优势。
1、 在市内率先开展、也是目前唯一常规进行经皮穿刺二尖瓣球囊成形术，处于国内领先水平。
2、 冠脉造影、冠脉介入（PTCA、冠脉内支架），急性心肌梗死直接PTCA术等均达到国内先进水平，且以成功率高、并发症少而著名。
3、 是省内较早开展射频消融术和埋置永久心脏起搏器术治疗心律失常的医院之一。
4、 是开展先天性心脏病、大血管病介入治疗为数不多的医院之一。
