二十世纪二十年代，在“五四”新文化运动的影响下，经嘉善社会进步人士积极倡导和推动，由当时县议会审议通过决议，于1926年宣告成立“嘉善县立初级中学”。学校选址在县城东门外马路口（现为思贤商场），1926年9月20日学校正式开学，首任校长为社会名流胡兆焕（字蒙子）先生。这所中学就是嘉善高级中学的前身，也是嘉善县创办最早的一所中学。
之后，校址屡经迁徙，校名屡有更迭。
抗日战争爆发不久，县城沦陷，学校被迫于1937年11月停办。后经进步知识青年多方努力，1938年春，学校迁址西塘，恢复课业。后又多次迁徙于西塘、天凝之间，与日寇周旋，在十分艰苦的环境中，顽固撑持。到1945年8月，抗战胜利，学校由天凝返迁县城，在田家弄面城园（即今兴贤路西段一中印刷厂）安址，并在西塘设立分布（即今嘉善三中校址）。
1949年5月，嘉善解放，人民政府派军代表接管学校。秋季开学前，政府决定将学校迁址东门外大胜寺简易师范校址（现为小寺弄中段），并将师范并入县中。1950年春，学校迁至文庙（即现二高校址）。是年秋，校内师范部停办，西塘分部独立。
1953年7月，学校更名“嘉善第一初级中学”。
1958年9月，学校增设农业专科班，并改名“嘉善农业专科学校”。同时筹建校办工场、农场和牧场，积极开展勤工俭学。
1959年3月，嘉善县并入嘉兴县，学校更名“嘉兴县农业专科学校”，“嘉兴南湖农业专科学校”也迁并该校。此时，除农专班外，学校仍保留十多个初中班。当年，因勤工俭学成绩突出，校长刘茂萱去北京出席“全国文教群英会”。
1960年4月，学校更名“嘉兴第十三中学”。
1961年8月，嘉兴、嘉善两县分治，学校改名“嘉善县魏塘中学”。
文革期间，1966年12月，学校改名为“嘉善县东方红中学”。并一度为凤桐公社贫管会接管。
1972年，学校秩序开始恢复。秋季，招收首届高中新生，开始办成完全中学。同年12月，学校更名为“嘉善县第二中学”此名沿用至2001年7月。
党的十一届三中全会以后，学校进入新的发展时期。1978年8月，嘉善二中被省人民政府确定为第二批省级重点中学。学校逐步形成由初中为主转向高中为主的格局，教育质量稳步提高。1984年，学校被评为“浙江省中小学先进集体”。1992年8月，嘉善县人民政府决定，嘉善二中改办为完全高中，停招初中。至此，嘉善二中确立以升学预备教育为主的办学目标，努力争创名牌学校，学校各方面得到长足的发展。1994年，嘉善二中被省委、省政府授予省级“文明单位”称号。
1995年、1996年在高校招生统考中上线人数连创纪录，取得良好的社会声誉。
1996年10月，学校举行了建校70周年大型庆典活动，新老校友共叙校史沧桑。
1998年5月，学校被浙江省人民政府评定为浙江省一级重点中学。
2001年8月，新校落成，嘉善二中整体搬迁至新校址（嘉善人民大道308号），并更名为浙江省嘉善高级中学。
