1964年10月，医院正式开诊，名称为“天津中医学院附属王串场医院”。
1970年，天津中医学院迁往石家庄，本院更名为“天津市河北区王串场中医医院”。
1981年2月，天津市河北区王串场中医院重新归属中医学院，定名为天津中医学院第二附属医院。1983年，申报市级课题《中医药治疗急性心肌梗死临床研究》，是天津市中医界第一个立项的市级重点课题。
1989年9月，新门诊楼启用。
1992年，天津中医药大学第二附属医院确定为卫生部临床药品研究基地。
1994年12月，被评选批准为三级甲等中医院。
2001年，妇科被批准为国家中医药管理局重点学科。
2003年5月， 在海河医院筹建SARS第五病区，为首个中医病区，并接受了世界卫生组织（WHO）的检查。荣获国家人事部、卫生部、中医药管理局授予的“全国卫生系统抗击非典先进集体”荣誉称号。
2003年，863项目“中药关键技术及GCP平台建设研究”通过国家科技部课题立项。
2004年底，成为天津医学高等专科学院临床教学基地。
2005年6月，世界中医药学会联合会妇科专业委员会首届学术研讨会暨成立大会在中医二附院隆重召开，学会挂靠本院。
2005年10月31日，天津市呼吸病研究所第三研究部挂牌运行，妇科、心血管、脑病、呼吸、糖尿病足被评为天津市重点专科（专病）。
2006年4月，医院更名为“天津中医药大学第二附属医院” “天津中医药大学第二临床医学院”，并通过三甲复评审。
2006年10月，“冬病夏治理论在COPD防治中的作用及机理研究”获国家自然科学基金立项。
2007年，“中医内科”被评为教育部国家重点学科；呼吸科、妇科、脑病科被评为国家中医药管理局重点专科。呼吸科治未病研究室、妇科生殖健康研究室被评为天津市重点研究室。
2007年，“呼吸常见病研究”获国家科技部十一五支撑计划，“建立评价妊娠期应用中药有效性、安全性的研究技术平台”获科技部中医药行业科研专项。
2008年7月，天津中医药大学131人才公布：滨海学者1名 ，中青年名医5名，中青年学术带头人12名。
2008年9月，获国家重点基础研究计划（973计划）支持，至此承担各级科研课题50余项，科研经费1500万元。
