子午流注，是针灸于辩证循经外，按时取穴之一种操作规程方法。它的含义，就是说人身之气血周流出入皆有定时，《针灸大成》徐氏有“刚柔相配，阴阳结合，气血循环，时穴开阖”之说。血气应时而至为盛，血气过时而去为衰，逢时而开，过时为阖，泄则乘其盛，即经所谓刺实者刺其来。补者随其去，即经所谓刺虚者刺其去，刺其来迎而夺之，刺其去去随而济之，按照这个原则取穴，以取其更好的疗效，这就叫子午流注法。
它是注重时间条件，以自然界周期现象，与人体气血周流的情况相配合的。在《灵枢·经脉》篇、《营气》篇，以及《难经·一难》、《二十三难》都有记载。《灵枢·九针十二原》篇、《本输》篇，记载井荥俞很详明，惟于井荥俞配属五行，仅有阴井木、阳井金，其余均无配属。《难经·六十四难》对井荥俞配属五行和十干运用，才有进一步的说明。《灵枢·卫气行》篇云：“岁有十二月，日有十二辰，子午为经，卯酉为纬”。《灵枢·五乱》篇说：“经脉十二者，以应十二月。十二月者，分为四时”。《灵枢·顺气一日分为四时》篇说“：以一日分为四时，朝则为春，日中为夏，日入为秋，夜半为冬”。《素问·八正神明论》说：“凡刺之法，必候日月星辰四时八正之气，气定乃刺之”。是谓“得天时而调之”。《甲乙经》说：“随日之长短，各以为纪，谨候气之所在而刺之是谓逢时。病在于阳分，必先候其气之加于阳分而刺之。病在于阴分，必先候其气之加于阴分而刺之。谨候其时，病可与期，失时反候，百病不除”。凡此皆与子午流注有密切之关系。南唐·何若愚著《流注指微赋》，将子午流注的应用和方法，作了概括的说明，元·窦汉卿著《标幽赋》，内有“一日取六十六穴之法方见开阖，论其五行五脏查时日之旺衰”，由此可见子午流注到了元代已经成为一种独特的针刺方法。它如明代的《针灸节要》、《医学入门》、《针灸大成》等书皆有论述。而《针灸大全》徐凤氏又推而广之著“子午流注逐日按时定穴歌诀”，学者多为习诵以便应用。可知子午流注法由来已久，是千百年来劳动人民所注重的一种高级的针灸疗法。
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