打了9年的战争。康熙二十七年（1688年）开始，康熙三十六年（1698年）结束。
康熙二十七年（1688年），噶尔丹亲率骑兵三万自伊犁东进，越过杭爱山，进攻喀尔喀，很快占领整个喀尔喀地区。土谢图汗察珲多尔济与哲布尊丹巴一世决定投清。
于是喀尔喀三部数十万分路南奔，逃往漠南乌珠穆沁一带，向清廷告急，请求保护。康熙一面把他们安置在科尔沁放牧，一面责令噶尔丹罢兵西归。
但噶尔丹气焰嚣张，置之不理，反而率兵乘势南下，深入乌珠穆沁境内。对于噶尔丹的猖狂南犯，康熙一面下令就地征集兵马，严行防堵。
一面调兵遣将，准备北上迎击，先后在乌兰布通和昭莫多大破准噶尔。康熙三十六年（1698年）二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。
噶尔丹在众叛亲离的情况下死去。至此康熙时期讨伐噶尔丹之战始告结束，漠北喀尔喀地区纳入清朝版图。
扩展资料：
康熙皇帝剿灭葛尔丹的原因：
当清军入关建立大清朝后，西北部崛起的准格尔汗国也是一个强势的国家，虽然我们一再用平定或者剿灭的字眼来称呼对准格尔的讨伐，但是实际上，准噶尔是被承认的的汗国，建国长达百余年。
尤其是在噶尔丹时期，更是将准噶尔带上了巅峰，最强盛的时候控制超过七百万平方公里的土地。但是，葛尔丹属于蒙古部落之一，而清朝的皇帝不仅是满族的大汗。
也是蒙古的大汗，这一点早在皇太极时期就已经确认了的。所以，清朝对准噶尔的战事可以用平叛来看待。作为清朝十分有作为的皇帝，康熙早就对准噶尔有所防范。
也一再对葛尔丹的嚣张跋扈进行忍让。主要当时康熙刚刚亲政，国内局势一片混乱，平定吴三桂叛乱，收复台湾、抗拒沙俄等等事项，根本就不给康熙太多的时间来对付葛尔丹。
以致葛尔丹以为清朝是怕了他了。当时有将康熙、葛尔丹、彼得大帝称为东亚的三大帝，于是噶尔丹野心勃勃要跟清朝打一下子，说不定就打败清朝了呢。
1688年葛尔丹率军进攻喀尔喀，喀尔喀实际上当时已经归属清朝，葛尔丹的这一举动已经威胁到了北京的安危，在葛尔丹的再三挑衅下，国内局势也已经趋于稳定，康熙于是亲征准噶尔。
最终葛尔丹兵败身亡，这并不意味着准噶尔就失败了，清朝和准噶尔的战争一直持续到乾隆时期才彻底结束，为了应对和西北的战争，雍正更是设立军机处，专门负责西北军事。
参考资料来源：百度百科-爱新觉罗·玄烨
康熙三十四年九月，噶尔丹果然率3万骑兵自科布多东进，沿克鲁伦河东下，扬言借得 俄罗斯鸟枪兵6万，将大举内犯。 在此形势下，康熙决定再次亲征，次年二月，调集9万军队，分东中西三路进击： 东路9000余人，由黑龙江将军萨布素率领越兴安岭西进，出克鲁伦河实行牵制性侧击； 西路4．6万人由抚远大将军费扬古为主将，分别出归化、宁夏（今宁夏银川），越过沙 漠，会师于翁金河后北上，切断噶尔丹军西逃科布多之路；康 熙自率中路3．4万人出独石口（今河北沽源南）北上，直指克鲁伦河上游，与其他两路 约期夹攻，企图歼灭噶尔丹军于克鲁伦河一带。三月，康熙率中路军出塞。五月初，经 科图（今内蒙古苏尼特左旗北）继续渡漠北进，逐渐逼近敌军。噶尔丹见康熙亲率精锐 前来，又闻西路清军已过土剌河，有遭夹击的危险，便连夜率部西逃。五月十三日，清 西路军进抵土剌河上游的昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南），距噶尔丹军15公里扎营。昭 莫多，蒙语为大森林，位于肯特山之南，土剌河之北，汗山之东。费扬古鉴于清军长途 跋涉，饥疲不堪，决定采取以逸待劳、设伏截击的方针，以一部依山列阵于东，一部沿 土剌河布防于西，将骑兵主力隐蔽于树林之中；振武将军孙思克率步兵居中，扼守山顶。 在噶尔丹率军东侵喀尔喀之际，其后方基地伊犁地区被其侄策妄阿拉布坦所袭占。 加之连年战争，噶尔丹“精锐丧亡，牲畜皆尽”，噶尔丹兵败穷蹙，无所归处，所率残 部不过千人，旦羸弱不堪，内部异常混乱。
康熙三十六年二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投 降，再次下诏亲征。噶尔丹在众叛亲离的情况下，服毒自杀而死，至此康熙时期平定噶 尔丹叛乱之战始告结束.
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