平谷区地方税务局机构设置如下：
1. 办公室：负责政务、文电、会务等工作，包括信息、调研、新闻发布等，组织督查和接待管理。
2. 法制科（国际税务管理科）：负责依法行政综合工作，提供法律支持，处理行政复议，审核规范性文件，应对反补贴案件，协调重大税务案件和国际税务协调。
3. 税政管理一科：落实税收政策，负责营业税、企业所得税等税种的征收管理，分析预测税收收入，管理税收减免和退税工作。
4. 税政管理二科：负责城镇土地使用税、房产税等税费的征收，监控收入，管理税收减免和退税，负责房地产税收一体化协调。
5. 征收管理科：负责税务登记、申报征收等事务，发票管理，税源监控，涉税事项管理等。
6. 收入核算科：负责税收收入分析，编制年度税收计划，监督税款征缴和退库。
7. 纳税评估科：执行纳税评估，评估税收征收情况和重点税源。
8. 纳税服务科：负责纳税服务体系建设，组织辅导、咨询服务和纳税信用体系建设。
9. 科技信息科：负责信息化建设和管理，实施信息化项目和网络安全。
10. 计划财务科：编制预算，监督财务管理，负责财务和采购工作。
11. 基层工作科：负责机关思想政治工作、党务、共青团和工会事务。
12. 人事教育科（保卫科）：负责人事、教育培训、安全保卫和离退休人员管理。
13. 审计科（法制科合署）：负责税务执法监督和内部审计，包括财务政策执行和经济责任审计。
14. 监察科：监督法律执行情况，开展行政监察和廉政建设。
稽查局负责税务稽查，立案、检查、审理涉税案件。
每个税务所负责各自区域内的税收征收、纳税咨询、发票管理等服务。
机关后勤服务中心负责物业管理、车辆管理、食堂和接待支持。