南昌市第二中学的历史可以追溯到中国近代，其渊源与思想先驱严复和心远创始人熊育钖的密切交往密切相关。两人曾频繁通信，探讨教育理念，推荐优秀教师，并共同创作了意义深远的校歌。校训"勤朴肃毅"，自1914年起就被确立，一直沿用至今，彰显出学校对严谨学风和坚韧精神的坚守。
在1949年9月10日，学校更名为江西省立第二联合中学，开始了新的发展阶段。1953年，随着中学建制的提升，南昌市第二中学正式诞生，成为教育部重点联系的30所中学之一，奠定了其在教育领域的坚实地位。
1960年，学校荣获全国先进学校的称号，并受邀参加全国文教系统群英会，展示了其卓越的教育成果。南昌市第二中学不仅被评为省市优秀重点中学，还荣获文明单位、园林化单位和综合治理先进单位的荣誉，是首批花园式学校的典范。作为中国教育学会数学、物理奥赛和英语教研培训基地，它与全国部分重点中学如实验中学联合体保持着紧密的联系。
现任校长吴勤学，继承了学校的历史传统，继续引领南昌市第二中学迈向新的教育高峰。这个历史悠久的学府，以其丰富的教育经验和深厚的底蕴，持续为社会输送高质量的人才。
南昌二中的前身心远中学创建于1901年，与天津南开、长沙明德同为当时中国三大私立名校之一。1949年9月10日，改名为江西省立第二联合中学。1953年中学改市级建制，正式定名为南昌市第二中学至今；成为教育部在中国重点联系的30所中学之一。