建校以来，学校积极开展科学研究与创新，在西南地区交通和三峡工程建设的重大科技攻关中取得了大量有影响的成果，成功解决了西部地区300多项交通建设关键技术，产生了30多亿元的直接经济效益和巨大的社会效益，如解决了钢管混凝土世界第一跨径拱桥——重庆万县长江大桥的设计与施工关键技术难题，为三峡工程175m水位线决策和施工通航方案论证提供了重要技术支持等。
学校先后获得国家科技进步一等奖1项、二等奖7项、三等奖2项，国家发明四等奖1项以及茅以升科学技术最高奖——“中国桥梁大奖”；获省部级科技进步奖220多项。“十一五”期间，学校承担各类各层次项目1800项，科研经费达到了5.14亿元，年均科研经费超过一亿元，获得国家级项目70余项，一批“973计划”前期项目、“863计划”项目、国家科技支撑计划、国家重大科技攻关项目、国家自然科学基金项目等相继落户学校。学校科研项目规模和层次逐年突破，各类各层次科研项目数不断取得新进展越，科学研究正从数量向质量转变。 主要科研成果 奖项 获奖时间 获奖单位或个人 粉煤灰筑路技术研究 国家科技进步三等奖 1985年 梁富权、丁良开等 邕宁邕江大桥SRC拱桥设计与施工技术研究 国家科技进步二等奖 1998年 顾安邦、刘忠等 大跨径劲性骨架砼拱桥收缩、徐变非线性因素影响研究 国家科技进步三等奖 1998年 顾安邦、刘忠、施尚伟、潘光友、周水兴 万县长江大桥特大桥（420米）钢筋砼拱桥设计施工技术研究 国家科技进步一等奖 2001年 顾安邦、刘忠等 三峡工程明渠导流及通航研究与运行实践 国家科技进步二等奖 2004年 赵世强、杜宗伟、舒云龙等 钢管混凝土拱桥建设成套技术 国家科技进步二等奖 2009年 顾安邦、向中富、张永水等 西部山区公路铁路泥石流减灾理论与技术 国家科技进步二等奖 2009年 陈洪凯、唐伯明等 公路在用桥梁检测评定与维修加固成套技术 国家科技进步二等奖 2009年 周建庭、周志祥等 山区拱桥建设与维护新技术研发及应用 国家科技进步二等奖 2011年 周建庭、周志祥、顾安邦等 国家高等级航道网通航枢纽与船闸水力学创新研究及实践 国家科技进步二等奖 2012年 胡亚安、李云、宣国祥、郝品正、张绪进等 国家工程技术研究中心：
国家内河航道整治工程技术研究中心
国家重点实验室（培育基地）：
重庆市山区桥梁与隧道工程重点实验室
国家地方联合工程实验室：
交通土建工程材料国家地方联合工程实验室
交通运输部重点实验室：
桥梁结构工程交通行业重点实验室
内河航道整治技术交通行业重点实验室
教育部重点实验室：
水利水运工程教育部重点实验室
教育部工程研究中心：
山区道路建设与维护技术教育部工程研究中心
山区桥梁结构与材料教育部工程研究中心
重庆市重点实验室：
重庆市结构工程重点实验室
重庆市水利水运工程重点实验室
山区道路结构与材料重庆市重点实验室
重庆市交通运输工程重点实验室
重庆市山区道路建设与维护技术重点实验室
山地城市交通畅通与安全重庆市重点实验室
重庆市工程实验室：
交通土建工程材料重庆市工程实验室
重庆市工程技术研究中心：
重庆市航运工程技术研究中心
重庆市特种船舶数字化设计与制造工程技术研究中心
重庆市城轨交通工程技术研究中心
重庆市低碳工程技术研究中心
重庆市高校工程研究中心：
重庆市高校水工建筑物健康诊断技术与设备工程研究中心
重庆市经委研究中心：
重庆市汽车摩托车零部件产业发展研究中心
重庆市人文社科重点研究基地：
西部交通经济及社会发展研究中心
口岸物流与航运经济研究中心
校属科研机构：
重庆西南水运工程科学研究所
高等教育研究所
西部交通经济社会发展研究中心
畅通重庆工程研究所
口岸物流与航运经济研究中心
重庆交通大学新农村发展研究院
重庆交通大学轨道交通研究院
重庆交通大学技术开发院（筹） 由中国科学院院士钱伟长任主编，学校主办的专业学术月刊《应用力学与数学》，以中英文两种版本发行世界50多个国家和地区。该刊编委会有科学院、工程院院士共13名，俄罗斯应用科学院国外院士1名，纽约科学院院士1名。该刊主要发表力学、力学中的数学方法和与近代力学密切相关的应用数学的创造性学术论文，以反映该学科领域的最新科研成果，促进学术交流，推动应用数学和力学的发展。 该刊被国际最著名的两大科技期刊论文检索系统《科学引文索引（SCI）》和《工程索引（EI）》收录。
EI确定该刊为核心刊物，收录全部文摘，是我国在该学科领域被EI收录论文最多的期刊，ISI和SCI也将该刊确定为源期刊，并收入SCI扩大版SCI-E。据中国科学技术信息研究所近两年出版的《中国科技论文统计与分析》统计，在我国被SCI、EI收录论文最多的100种期刊中，《应用数学和力学》均连续位居25名以前。该刊为我国力学类核心期刊第二位，是我国评定力学类、数学类核心期刊的引文源期刊。
《中国科学引文数据库》将该刊确定为引文源期刊、（遴选）核心期刊，被称为核心期刊的核心。该刊一直为国家统计源期刊。 国内外十八种权威检索系统和文摘评论刊物：美国《应用力学评论》、《数学评论》、《当代数学》、《力学》、《宇航文摘》、俄罗斯《文摘杂志 · 力学》、《文摘杂志 · 数学》，荷兰《世界译文索引》，德国《数学文摘》，中国《中国力学文摘》、《中国数学文摘》、《中国物理文摘》及其数据库均收录该刊文摘、题录。美国力学科学院还评论该刊为 17种国际力学刊物之一，按期报道该刊题录。为适应我国信息化建设需要，该刊已加入《中国学术期刊（光盘版）》、《万方数据》、《中国期刊网》和《中文学术期刊数据库》。 2003年该杂志被引总频次排名全国数学类刊物第二。
