政治主张不同。
金兵南侵的压力一直威胁着南宋皇帝，宋高宗赵构在惊慌南逃之后，患上了不育之症，无奈之下将皇位让给宋太祖的后嗣，也就是普安郡王赵昚，即后来的宋孝宗。
面对凭空得来的皇位，宋孝宗对宋高宗不由十分感激。然而他与宋高宗对金的态度上却有所不同，宋高宗坚决议和，而宋孝宗则仍有雄心大志，却受制于宋高宗无法施展。
公元1187年，宋高宗逝世，从公元1187年，到公元1194年，宋孝宗真正独立执政只有七年不到的时间，身为一个想要有所作为的君主，七年的时间实在太短，事实上，公元1162年，赵昚被立为皇太子，同年宋高宗禅位给宋孝宗。
如果从这一年开始计算的话，共有三十多年的时间，此时宋孝宗已经三十五岁了，正是壮年、意气风发的时候，然而头顶有宋高宗制衡，他不敢违逆宋高宗的意思，况且，宋孝宗之所以被追谥为“孝宗”，可不是凭空得来的，只因他事事以高宗为先，受人称道。
但是，孝顺宋高宗也就意味着遵循他过去的政治主张，至少在他活着的时候不能变通，即便宋高宗死了，还有三年的守孝期，按照“三年无改父之志”的古训，在这三年间也不能更改宋高宗的政治主张。
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宋光宗的立储分歧：
光宗皇后李氏只生有嘉王赵扩一人，立为太子，本是顺理成章之事，但却受到孝宗的阻挠。可能是因为嘉王天性懦弱，孝宗认为其不适宜继承皇位，相比之下，魏王赵恺的儿子嘉国公赵抦生性聪慧，深得孝宗喜爱。
当初光宗取代了二哥赵恺，成为太子，如今孝宗却宠爱赵恺之子，不同意将嘉王立为储君，无形中加深了光宗心中对孝宗本就存在的猜忌，让光宗时时感到恐惧和不安。在他看来，父亲似乎不仅对嘉王的太子地位，甚至对自己的皇位，都是潜在的巨大威胁。
在别有用心的李后和宦官们不断离间挑拨下，这种恐惧感逐渐成为光宗挥之不去的阴影，其心理和精神压力越来越大，终于导致了无端猜疑和极度偏执的症状。他视重华宫为畏途，不再定期前去问安，尽可能躲避着孝宗。
天子孝行有亏，臣子劝谏责无旁贷，而臣僚们的这些言行更激起光宗的固执与疑惧，终于引发历时数年的过宫风波。
光宗病情不断加重，皇后李氏负有不可推卸的责任。她生性妒悍，又有着强烈的权力欲。一方面，她独霸后宫，不允许任何女人与她争宠，光宗对此只有忍气吞声，抑郁不乐；
另一方面，她视孝宗夫妇为她皇后地位的最大威胁，想方设法离间孝宗、光宗父子，从很大程度上加剧了光宗的病态心理。
参考资料来源：百度百科—赵惇
二、光宗惧内受制于李后。《宋史·光宗本纪》载，绍熙四年九月，光宗首次不朝重华宫过后的几天，在众臣的劝说下，“帝将朝重华宫，皇后止帝，中书舍人陈傅良引裾力谏，不听。”《齐东野语》也载，光宗将朝父王，百官班立以候，当光宗刚走出御屏，李后拉住皇帝的胳膊说：“天冷，官家再喝一杯酒。”百官侍卫都大惊失色。陈傅良马上趋前拉住龙袍大襟，请帝毋再入宫，并随上至御屏后。李后叱责道：“这里是什么地方，你难道不要脑袋了吗!”傅良只得出来，遂大恸于殿下，李后派人责问：“此行为算是何礼?”傅良回答：“子谏父不听，则号泣随之。”李后更怒，遂传旨回宫。李后居然能够阻止光宗，不让他去看望父母，亦可见这位皇后的蛮横专权，那么李皇后为什么如此嫉恨公公呢?
《齐东野语》诸书载，李氏出身将门，天姿悍妒，飞扬跋扈，为太子妃时就容不得太子身边的宫女，一再到孝宗面前告状，孝宗让她学点后妃之德，并警告她：“如再争吵，宁可废掉你。”做皇后时更专擅朝政，骄奢淫逸，任人惟亲，政事腐败。且不敬婆婆谢太后，太后教训之，李后反而说：“我与皇帝是结发夫妻”。言外之意是说太后与孝宗不是结发夫妻，而是嫔妃册立的。太后告之孝宗，孝宗听了也大怒，屡加训斥，声称若不思悔改，有失皇后风范，定将废之。《朝野遣记》载，宋孝宗听说儿子得病，便亲临大内抚视，见光宗已神志不清，嘴中喃喃自语，不由十分担忧，且怒斥李皇后道：“皇上为社稷之重，你不好好照顾，使他发病如此。万一不能恢复，当族灭你李氏。”可见，李后与公公的矛盾冰冻三尺非一日之寒，暗中与公公已势不两立。好几次，光宗准备去见父母，都被李后阻拦。可知光宗软弱多病，不能自主决事，往往听从李后之意。
三、光宗与孝宗父子有隙。《西湖志余》载，光宗在做太子的时候。年已过四十，很想父王早些内禅皇位，又难于当面说出口。便数次给太后提暗示，太后有些搞不懂，旁边有人就帮太子说：“是想娘娘帮太子去与皇帝说说。”太后这才听懂。一天，孝宗来东宫，太后从容说：“官家是否可传位与太子，自己也好早点休息取乐了。”孝宗却说：“我早就想这样做了，但太子年纪尚小，又没有经历，所以还不能传位给他。”太后也不能勉强，就对光宗把事情说了。光宗很不高兴，说：“我的头发都已白了，还拿我当小孩子。而当年爷爷早就传位给他了。”又过了几年，光宗才终于坐上皇帝宝座。
一天，光宗找太上皇要求立皇子嘉王赵扩为太子，不料孝宗对他说：“当初按例应立你二哥，因你英武像我，才越位立你。如今你二哥的儿子还在。”事情是这样的：光宗的大哥早夭，而孝宗这时立三儿子光宗，使二儿子郁郁病死，孝宗对二儿子怀有歉疚心理，同时孝宗觉得嘉王“不慧”，而二儿子之子早慧，所以有意想改立。光宗在情理上不能反驳父亲，内心却是老大的怨怼，父子关系出现无法弥合的裂痕。李后更是大为不满，不断在光宗面前进谗言，所以光宗对父王一直心有芥蒂。
四、有宦官从中挑拨其父子关系。《四朝闻见录》载，光宗即位，对近习宦官没有好感，一天甚至大发脾气，要取其中狡猾者的首级。太监们哭诉到孝宗那里，孝宗下旨：“吾儿息怒。”光宗虽奉父旨，但心里更不快，意欲他日尽诛此辈。由是，宦官们面面相惧，商量如何离间三宫。不久，光宗发病，孝宗担忧，派人到处找秘方良药，得草泽大药丸一颗，据称可药到病除。孝宗想宣旨赐药，又怕李后可能会从中作梗，不许光宗服民间草药，便想等儿子来重华宫看望时，再当面让儿子服药。某宦官得知此事，便想阻止光宗吃药，便与李后说：“太上皇只等皇帝过去，便会赐一种草药。”李后派人去打听，重华宫果然准备了大药丸。便拉着儿子嘉王找光宗哭诉，挑唆说：“太上皇打算废掉你，给你准备了一丸药，好让你侄子早点继位。”使光宗相信其父准备了有毒的药丸，要他当场服下，所以再也不肯朝重华宫了。由是，光宗始终也没吃得此良药，病也没好，主要是为这些宦官和李后所误。
各种不同原因的说法，错综复杂的矛盾交织在一起，让人们无所适从。不过，其中光宗有病和李后跋扈或是主要原因，但光宗到底病到如何状态，李后又专权到什么程度，人们依然知之不详。
2 宋孝宗对宋光宗的继承人问题发表意见，他让宋光宗死后把皇后传给侄子赵抦而不传给他的儿子赵扩，宋光宗当然不大愿意；
3 宋光宗的皇后李凤娘是历史上著名的妒后，贪婪、妒忌、霸道，这样的女人自然不会讨人喜欢，宋孝宗很不喜欢她，曾经明确地说要废掉她的皇后位。李凤娘怀恨在心，不断在宋光宗身边诋毁宋孝宗，说宋孝宗想要毒死光宗，然后传位赵抦，宋光宗既恐惧又怨恨；
4 李凤娘妒忌、残忍，曾经因为宋光宗看一个宫女的手很白，多看了几眼，李凤娘就砍下宫女的双手，后来李凤娘更趁宋光宗出宫祭天杀死光宗宠爱的黄贵妃，李凤娘的凶狠使光宗很寒心、很恐惧，心智渐渐失控；
5 上有不肯完全放权的孝宗，下又妒忌剽悍的李凤娘，宋光宗心智失常，精神方面患上疾病，更加疑神疑鬼，担心宋孝宗不想他当皇帝，会把他杀死，心中也更加怨恨孝宗。本回答被提问者采纳