法律分析：两者的区别主要在于所指向的对象不同：1、宅基地使用权确权登记指的是宅基地的使用权，不包括所有权及处置权（属于集体所有），并且宅基地使用权是不能继承及单独转让的；2、房屋产权确权，是指地上建筑物的所有权及处置权，只要当事人双方协商一致，建筑物本身，是可以转让的；3、需要说明的是：农村宅基地上的建筑物通常来说，没有房产证，只有土地使用权确权登记证，只有本村的农业户口人员在一户一宅的前提下，才能受让。
法律依据：《土地管理法》第九条 城市市区的土地属于国家所有。农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于农民集体所有；宅基地和自留地、自留山，属于农民集体所有。
《民法典》第二百一十七条 不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。