促肾上腺皮质激素（ACTH）、肾上腺皮质激素以及磺胺药，为目前控制本病最有效的药物。
（1）肾上腺皮质激素和ACTH。适用于结肠病变广泛的急性期和严重病例，每日ACTH20 ～ 40 单位加入5% 葡萄糖溶液500ml 中静脉滴注（约8 小时滴完），或ACTH 乳剂80 ～ 1000 单位皮下注射；每日氢化可的松100 ～ 300mg 加入5% 葡萄糖溶液500ml 中静脉缓慢滴注，通常2 周为一疗程，或口服泼尼松或泼尼松龙每日20 ～ 80mg。经以上剂量治疗，取得满意疗效后，宜逐渐减量，至维持量时，可每晨或隔日一剂，一般服用泼尼松。待病变完全或基本消退，然后在1 ～ 3 个月内逐渐减量直至停用。
为了避免长期全身应用肾上腺皮质激素而引起不良反应，对病变局限于直肠和乙状结肠远端的较轻型病例，可局部给药。轻症病例和降结肠病变的病例，可采用注射用琥珀酸钠氢化可的松100mg或注射用泼尼松龙20mg 加生理盐水，保留灌肠，睡前1 次，症状控制后改为每周2 ～ 3 次，疗程1 ～ 3 个月。国外报道用本法治疗远端结肠炎，有效率为75%；国内使用激素或加中药灌肠，疗效有所提高。直肠病变严重的病例可采用含氢化可的松10mg 的抗菌药物栓剂，每日两次纳入肛门，每次1 支；也可作灌肠治疗，但易发生直肠痉挛，不易保留，可于药液中加入普鲁卡因，或用糖皮质激素泡沫剂有助于药液保留。
（2）抗感染药物。首选柳氮磺胺吡啶（SASP），本药的治疗机制，主要是口服后被结肠细菌分解为磺胺吡啶（SP）与5- 氨基水杨酸（5-SAS），前者重新吸收代谢后从尿排出，而后者则在肠道内发挥消炎作用，此药可以减轻发作和减少发作，较适用于慢性期。对于轻度、中度患者于发作期每日4 ～ 6g，分4 次口服，病情缓解后改为每日2g，分2 次口服，使用1 ～ 2 年。据认为最佳疗效期间是6 ～ 24 个月，故最长使用两年后即需重新评价疗效。该药对本病治疗有效率一般在80% 以上。在服药期间，本药的不良反应有恶心、呕吐、头痛，偶尔引起粒细胞减少症、药疹和产生精液异常而导致不育。副作用发生与药量有关，日用量4g 以上者，副作用显著增多。
目前已有新药如水杨酸偶氮苯甲酸、偶氮水杨酸二钠等问世，它们均能保存SASP 的有效成分5- 氨基水杨酸（5-SAS），而减少SASP 的副反应，这些药物的长期用量平均每日1.8g。另外，现在有直接口服的5-SAS 制剂，因在小肠吸收起不到治疗结肠溃疡的作用，可应用5-SAS2 ～ 4g 置于适量溶液中，加肾上腺皮质激素灌肠，每日1 次，2 周为1 个疗程，必要时可重复。对磺胺过敏的患者，可每日口服氨苄西林2 ～ 4g，或头孢氨苄2 ～ 4g。
近年发现本病患者的肠内有某种（或某些）厌氧菌的繁殖，有时，在活动期患者的粪内，可检出难辨梭状芽孢杆菌的外毒素，而后者可加剧病变和症状，对于此等病情，可采用甲硝唑或万古霉素口服来控制症状。
（3）免疫抑制剂。对磺胺药或肾上腺皮质激素治疗无效的病例，有人主张改用或加用其他免疫抑制剂，如硫唑嘌呤或6- 巯基嘌呤，剂量均按每日1.5mg/kg 计算。但本类药物毒性大，副作用多，特别是对骨髓的抑制，故使用时必须慎重，用药过程中应定期检查血象，严密观察血液白细胞的改变，当白细胞数减少至5×109/L 以下，宜减半服用，白细胞数减至3×109/L 以下者应停药。一般疗程半年至2 年。这些药物对本病的疗效尚未确定，在动物模型中还表明有致癌作用，因此，这类药不是常规使用的药物，只有在其他治疗无效的情况下，才有使用的价值。