在雅典恢复奴隶主民主制后，苏格拉底被控以藐视传统宗教、引进新神、腐化青年和反对民主等罪名，并被判处死刑。据《克里托篇》说，他拒绝了朋友和学生要他乞求赦免和外出逃亡的建议，饮下毒酒而死，终年70岁。
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苏格拉底的雕塑和艺术作品
苏格拉底确实主张了一个新神，他是道德善、智慧真的源泉：宇宙理性的神。这个宇宙理性神是苏格拉底的哲学追求——真正的善——的终极根据，人能有知识，是因为人得到了神的特别关爱，被赋予了神性的一部分，因而有了灵魂，有了爱智的心灵和理智。但是人应当明白，你所具有的那点灵魂同神的智慧是无法比拟的。所以这个新的理性神的观念和关于人当“自知无知”的教导，就成了激发和推动人追求真知与批判不真不善、伪真伪善的强大力量。
苏格拉底热爱雅典城邦，他更不容许最神圣的信仰有丝毫的被亵渎，因此，他毅然选择死亡。他并非不珍惜自己的生命，但他更注重自己的灵魂，他相信神无处不在，无所不能，万事万物都是神有意识有目的的巧妙的安排。他没有背叛神，既然如此，死亡也就是神对他的召唤，他还有什么可犹豫的呢？也许人们笑他，笑他天真，笑他顽固，执迷不悟，但是惟有那些真正洞察了他内心世界的人，才会为他的智慧与忠诚所折服:智慧使他看到并一直紧紧关注着的众人未曾察觉的美德，忠诚的是于他自己热爱的城邦，于他一生遵从的法律，于他永恒不变的理想追求。
在苏格拉底一案中，一方是追求真理、舍生取义的伟大哲人，另一方则是以民主自由为标榜、被视为民主政治源头的雅典城邦。孰是孰非，谁善谁恶，不那么泾渭分明，感情上的取舍则成为一种痛苦的折磨，因而其悲剧色彩愈加彰显。
苏格拉底无论是生前还是死后，都有一大批狂热的崇拜者和一大批激烈的反对者。他一生没留下任何著作，他的行为和学说，主要是通过他的学生柏拉图和色诺芬著作中的记载流传下来。关于苏格拉底的生平和学说，由于从古代以来就有各种不同的记载和说法，一直是学术界讨论最多的一个问题。
但他的影响却是巨大的。在欧洲文化史上，他一直被看作是为追求真理而死的圣人，几乎与孔子在中国历史上所占的地位相同。哲学史家往往把他作为古希腊哲学发展史的分水岭，将他之前的哲学称为前苏格拉底哲学。他以一种对哲学的崭新理解开创了希腊哲学的新纪元，更以其灵魂转世与净化的基本思想
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