大量事实证明，微生物既能造福于人类，也能给人类带来毁灭性的灾难。
人体的消化道里就“住着”大肠杆菌，它是来帮助我们消化的。而我们平时吃的美味爽口的菇类，就属于真菌类。其实有很多微生物的代谢产物也可以提供给人类作为治疗药物，如青霉素、红霉素等都是它们的产物。
可见，在生物进化的过程中，微生物与人体保持着一种生态平衡。有些微生物已经与人体形成一种相互依赖、互惠互利的生态平衡状态。这称作正常菌群，它对宿主有益无害。人一生下来就与周围富含微生物的自然环境密切接触，因而人体的体表皮肤与口腔、上呼吸道、肠道、泌尿生殖道等黏膜以及腔道寄居着不同种类和数量的微生物。它们有营养作用、免疫作用、生物拮抗作用、抗衰老作用以及其他的作用。
微生物对人体，给我们生活带来这么多好处，因此，随着科学技术的日益发展，微生物的应用也越来越广泛。在生物制药、能源、环保、食品、工业等方面，微生物都扮演着重要的角色。