主要是表达意思上的区别：
窠：基本字义为昆虫、鸟兽的巢穴，借指人安居或聚会的处所，还可指文章所依据的老套子，陈旧的格调。
巢：其古字形像树木上的鸟窝。本义即鸟窝，也泛指蜂、蚂蚁等的窝，又指坏人盘踞藏身的地方。
相关信息：
巢是象形字，现发现最早的“巢”单字在西周文字中，图1的字形取自甲骨文“漅”字，其字形与西周金文一致。商周时期的“巢”下部是树（“木”），上部是鸟巢的象形。
大多数鸟类在树上筑巢，这种习性与“巢”的字形相合。秦代小篆（图4）将鸟巢上缘突起与主体分离，演变为“巛”形的符号，遂被后人认为是鸟巢中的雏鸟。