1、设立条件不同：
公司制企业：公司制企业是指按照法律规定，由法定人数以上的投资者(或股东）出资建立、自主经营、自负盈亏、具有法人资格的经济组织。
个人业主制企业：由个人出资经营的企业。出资者就是企业主，掌握企业的全部业务经营权力，独享企业的全部利润和独自承担所有的风险，并对企业的债务负无限责任。
合伙企业：合伙企业是由各合伙人订立合伙协议，共同出资，共同经营，共享收益，共担风险，并对企业债务承担无限连带责任的营利性组织。
2、事务执行不同：
公司制企业：无限存续（一个公司在最初的所有者和经营者退出后仍然可以继续存在）、有限债务责任、所有权的流动性强、资本市场的优越地位。
个人业主制企业：企业建立与歇业的程序简单易行，企业产权能够较为自由地转让；经营者与所有者合一；所有者的利益与经营者的利益时完全重合的；经营者与产权关系密切、直接，利润独享，风险自担，经营的保密性强。
合伙企业：与个人独资企业相比较，从众多的合伙人处筹集资本，合伙人共同偿还债务，减少了银行贷款的风险，使企业的筹资能力有所提高；合伙企业能够让更多投资者发挥优势互补的作用，比如技术、知识产权、土地和资本的合作，并且投资者更多，事关自己切身利益，大家共同出力谋划，集思广益，提升企业综合竞争力；
3、组织机构不同
公司制企业：公司作为独立的法人，其利润需交纳企业所得税，企业利润分配给股东后，股东还需交纳个人所得税。公司法对于建立公司的要求比建立独资或合伙企业高，并且需要提交各种报告。
个人业主制企业：投资人可以自行管理企业事务，也可以委托或者聘用他人负责企业的事务管理。
合伙企业：注册公司的组织形式，由《公司条例》详为规定，合伙的组织形式则相对灵活，只要不违反法律，可由合伙人以协议决定。
扩展资料：
在市场经济中，与其他市场主体相比，公司有以下优点：
市场经济要求平等的市场主体按照等价交换的原则；通过公平竞争，从市场取得和向市场提供商品，促进整个市场合理流动，实现结构架置优化、资源合理配置。
市场经济的要求决定了市场主体必须拥有明晰界定的财产权，而且必须是独立的、平等的。法人制度以其独特的性质使法人在市场经济中充当了主要的角色。
公司作为法人的一种形态，其特质完全符合市场经济的要求，这必然是公司成为市场经济的主体。
参考资料来源：百度百科--公司制企业