深圳市第二人民医院的特色专科包括血液科、神经外科、皮肤科、烧伤整形科、心内科、骨一科、骨二科、手外科、创伤外科和肝胆外科。
血液科是广东省“科教兴医五个一工程”重点专科，与深圳市血液病研究所紧密合作，提供血液病诊断、治疗、科研及教学服务。设有25张专科床位，配备了先进的层流无菌移植病房，以造血干细胞移植为核心，是中国首例无关供体外周血干细胞移植的开创者。在白血病等血液系统疾病治疗上处于国内先进水平。
神经外科是深圳市重点医学专科，由门诊、病区和先进设备如脑组织监测仪等组成，年收治病人众多，能进行高难度手术，如颅内血肿引流术等。
皮肤科专长于皮肤病治疗，拥有先进的诊疗设施和一支经验丰富的医疗团队，提供综合治疗手段，包括激光手术等。
烧伤整形科以深烧伤早期修复诊疗技术见长，采用整形技术和现代科技为患者提供全面的烧伤治疗、整形和美容服务。
心内科是医院重点科室，配置有心电监护等先进设备，成功安置多种心脏起搏器，介入心脏病治疗水平高。
骨一科和骨二科分别擅长骨关节创伤和脊柱疾病治疗，人工关节置换和微创手术技术领先。
手外科擅长高难度手术，如断肢再植和复杂皮瓣移植，达到国际先进水平。
创伤外科是多学科综合科室，快速救治多部位创伤病人，手术能力强。
肝胆外科则是肝胆疾病治疗的专科，如无血切肝术和高难度手术，治疗水平国内领先。
深圳市第二人民医院，坐落于风景秀丽的笔架山下，地处繁华的福田中心区，占地面积6万平方米，建筑面积10万平方米，医院和深圳市急救中心依托生存是深圳市两家三级甲等综合性医院之一，是南方医科大学非直属附属医院。