南京大学医学院和南京医科大学各有其独特的优点，具体哪个好取决于个人的学习目标和职业规划。以下是对两所学校的详细比较：
南京大学医学院在科研方面实力强劲，拥有丰富的研究资源和优秀的教授团队。学校注重培养学生的科研能力，提供了众多的实验机会和科研项目。对于希望从事科研工作的学生来说，南京大学医学院是一个理想的选择。
南京医科大学则在医学教育方面有着悠久的历史和丰富的经验，其临床医学专业在国内享有很高的声誉。学校的教学质量高，注重培养学生的临床技能和实战经验。对于希望成为一名临床医生的学生来说，南京医科大学是一个很好的选择。
此外，两所学校的校园文化也各有特色。南京大学医学院注重学生的综合素质培养，有丰富的学生活动和多元化的课程设置。而南京医科大学则更加强调严谨的学术态度和专业的医学教育。
因此，无法简单地回答哪所学校更好，这完全取决于个人的学习目标和兴趣。建议在选择时，根据自己的实际情况和未来规划，深入了解两所学校的特点和优势，做出最适合自己的选择。