在《武林外传》动画版的故事中，第一回，郭芙蓉因不满家庭压力离家出走，误闯同福客栈，被误会为雌雄双煞，开始了艰难的杂役生活。第二回，郭芙蓉逃避劳动，直到佟掌柜引导她明白行动的重要性。第三回，她假装生病，结果被过度照顾，暴露了谎言。第四回，她挑战白展堂未果，反而帮助莫小贝入学。第五回，莫小贝入学后，众人被迫成为她的跟班，直到佟湘玉意识到对莫小贝成长的负面影响。
第六回，莫小贝建立“八大派”惹出风波，朱先生赞扬她的潜力。第七回，李大嘴与瞎老娘的误会展现了客栈众人的团结。第八回，白展堂因赌博而陷入困境，随后明白了赌博的危害。第九回，展红绫追踪盗圣，揭示了白展堂的过去。第十回，郭芙蓉痴迷于盗圣，白展堂的行动让她理解了“盗亦有道”的真谛。第十一回，杨蕙兰比武招亲，李大嘴痴情于她，但最后误会澄清。
第十二回，李大嘴等人战胜了黑道势力，明白了勇气与智慧的区别。第十三回，吕秀才为讨回欠款，经历了一连串喜剧般的挑战。第十四回，郭芙蓉与吕秀才的误会通过一场搞笑对决得到解决。第五回，七侠镇的人物纷至沓来，展开了复杂的故事线。第十六回，白展堂为了正义，不得不与亲人对抗。第十七回，邢捕头通过实战理解了真正的捕头精神。第十八回，众人在解决日常纷争中互相成长。
第十九回，扈十娘的表演教育了莫小贝，剧情富有戏剧性。第二十回，怡红楼的赛貂蝉引发了新的竞争。第二十一回，同福客栈面临人员流失和生意挑战。第二十二回，佟湘玉和赛貂蝉的较量以失败告终。第二十三回，白展堂与郭芙蓉的误会加深，李大嘴的自尊心受挫。第二十四回，白展堂策划的“鸡王争霸赛”带来新的危机。第二十五回，邢捕头解决了一起意外的杀鸡案，案件背后隐藏的复杂性令人惊讶。
这些集数展现了角色们的成长、友情、冲突和智慧，以及江湖世界的风云变幻。
《武林外传》动画连续剧，改编自同名章回体古装连续剧，是一部具有浓郁喜剧趣味的古装动画，每集23分钟，第一部拟制作160集。