琼脂糖凝胶电泳技术是一种利用琼脂糖作为电泳支持物的分离和分析技术。它操作简便，速度快，无需预处理样品即可进行。琼脂糖的特性使其在电场中展现出独特的性能，如结构均匀，含水量高，透明且无紫外吸收，便于直接检测和定量。这种技术常用于蛋白质和同工酶的分离，以及免疫化学分析，甚至能识别复杂体系中的成分。
在DNA分析中，琼脂糖凝胶电泳主要依据样本的相对分子质量和分子构型进行分离。DNA分子大小与琼脂糖浓度有密切关系，例如，低浓度琼脂糖适合分离小分子DNA，而高浓度则适用于大分子。不同构型的DNA在凝胶中的迁移速度不同，cccDNA最快，开环双链DNA次之，而环状DNA在高浓度琼脂糖中可能无法进入凝胶。
电泳方法包括垂直和水平型（平板型）电泳，水平型电泳因其制备简便、效果好而更受欢迎。缓冲液系统的选择对电泳效果至关重要，需要控制离子强度以避免DNA变性。凝胶制备通常使用沸水或微波炉，样品需用特定缓冲液溶解并添加适量的比重调节剂。
在电泳过程中，温度和电压的控制也相当关键，以确保最佳的分离效果。染色和拍照常用荧光染料，而印迹转移电泳则通过将DNA转移到膜上进行后续分析，如Southern、Northern和Western印迹。交变脉冲电场凝胶电泳则通过交替电场方向有效分离大分子DNA，如Schwartz和Carle的改进技术。
琼脂糖是线性的多聚物，基本结构是1,3连结的β-D-半乳呋喃糖和1,4连结的3,6-脱水α-L-半乳呋喃糖。琼脂果胶是由许多更小的分子组成的异质混合物。琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃时形成良好的半固体状的凝胶，这是它具有多种用途的主要特征和基础。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示。强度越高，凝胶性能越好。