1959～1961三年大饥荒的原因是自然灾害导致农作物大量减产。
自然灾害的威力往往超乎人类的想象，它们可以迅速扼杀着农作物的生命力。大饥荒就是由于持续的自然灾害，尤其是洪水、干旱、风暴等对农作物的摧毁而产生的。这些自然灾害经常发生在农作物生长的季节中，以致于无法避免或应对。
在强降雨的情况下，土地很容易发生水涝，农作物的根部被淹水浸泡，导致其无法获得足够的氧气和养分，进而引发根部腐烂，无法生长健康。洪水常常伴随着泥石流和河流的冲击，瞬间摧毁农田，将所有的劳动和希望全都摧毁掉。
干旱和洪水一样，极具破坏力，尤其是对于农业地区。缺乏足够的雨水，农作物的生长周期将受到严重影响。干旱导致土壤失去水分，土壤的营养价值也会降低。农民不得不通过人工灌溉或地下水来解决植物的需水问题，然而这种方式并不总能覆盖到每一块土地，因此仍有大片土地被干旱所困扰。
与此同时，温度的变化也是导致农作物减产的重要因素。全球气候变化导致了气候异常，高温、低温、不规律的温度变化都会对农作物的生长产生重大影响。高温会加速土壤水分的蒸发，降低作物的湿度，使其干旱和减产；低温则会使农作物的生长停滞、生长周期延长，进而导致产量下降。
三年困难时期的介绍：
1959-1961年我国经历了“三年经济困难”时期。根据对灾情、受灾面积等资料图表的分析，证实这三年发生了持续的严重自然灾害；同时分析了各种决策错误带来的不同影响，重点把粮食作为决定国家经济兴衰的生命线和因果关系链的比较指数，用计量方法分析当时农村因灾减产、因决策错误减产、因高征购而减少粮食存量之间的比例状况。
据国家统计局、民政部编撰的《1949-1995中国灾情报告》记载，1959年全国出现的受灾范围非常大，在1950年代是前所未有的严重自然灾害，受灾面积达4463万公顷，且集中在主要产粮区河南、山东、四川、安徽、湖北、湖南、黑龙江等省区。
1960年，灾情继续扩大，北方持续爆发特大旱灾。进入1961年后，大旱蔓延黄河、淮河和整个长江流域，河北、山东、河南三个主要产粮区的小麦比上一年最低水平又减产50％。