农村房屋仅要求办理宅基地使用权证书，院子本是附着物，只要不超过宅基地上所确定的四至范围就可以了，故建立院墙不需要申请批准。但是，有下列情形之一的，可能被按照违章建筑予以拆除，或者承担相应民事法律责任：
一、违反乡镇农村房屋建设规划的；
二、影响邻居通风与采光的。
前者违反地方规定，承担行政责任。你可以向当地乡土地管理办公室咨询，除非有明文规定因规划需要不得改建扩建，一般不会出现不允许建立情况；后者违反民法关于相邻权的规定，承担相应民事责任。
法律依据：
1、土地管理法第六十二条第三款 农村村民住宅用地，经乡（镇）人民政府审核，由县级人民政府批准；其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
2、民法通则第八十三条 不动产的相邻各方，应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的精神，正确处理截水、排水、通行、通风、采光等方面的相邻关系。给相邻方造成妨碍或者损失的，应当停止侵害，排除妨碍，赔偿损失。
参考资料：http://366657866.qzone.qq.com