秦始皇当然有皇后，只不过我们不知道而已，有可能没立皇后，有可能被杀。秦始皇有20多个儿子，还有几个女儿，这些儿子女儿的母亲，中间肯定有一个是秦始皇的皇后，但由于各种原因，我们不得而知，但可以来推测一下。秦始皇13岁就继承皇位，由自已的母亲赵姬和丞相吕不韦掌握朝政，结果秦始皇受到自已母亲的背叛，赵姬不仅与吕不韦偷情，后来又与吕不韦找来的嫪毐在一起，还生了两个同母父的弟弟，偷情也就罢了，嫪毐居然靠赵姬给的权势阴谋造反，想杀秦始皇自立，被刚刚行弱冠之礼的秦始皇击败，之后秦始皇才开始亲政。
再之后，秦始皇的弟弟成蟜，也为争夺皇位而发生叛乱，叛秦降赵，成蟜的同谋、部下、支持者全被秦始皇诛杀。秦始皇从即位之初，就开始遭受一次又一次的背叛，而且秦国朝堂之上的各种势力也错综复杂，彼此争斗，而最大的势力来自楚国。为什么秦国朝堂之上有楚国势力，这是因为秦楚一百年来联姻的结果，自秦国被晋国打压，无法出函谷关后，秦国与楚国开始联姻，首先是秦惠文王娶了楚国公主芈八子为妾，也就是后来的宣太后，而宣太后的弟弟魏冉也把持秦国朝政多年。
之后秦始皇的父亲异人为了讨好身为安国君王妃的华阳夫人，改名为子楚，华阳夫人也是楚国人，秦始皇的父亲为了能顺利当上太子，主动与楚国势力交好。再之后就是楚国王公贵族出身的昌平君和昌文君，身为秦国重臣，在秦国朝堂之上为官数十年。直到秦灭楚国的前昔，来自楚国外戚势力的昌平君联合楚国的项燕部，在韩国旧都新郑发生叛乱，这一次的叛乱对秦始皇的打击最大，秦始皇倾秦国所有力量，凑齐60万大军，一举消灭昌平君和楚国，而昌文君也因为叛乱受到牵连而诛杀。至此，秦国朝堂之上再无楚国势力，包括那个极有可能是楚人的扶苏生母，也是极有可能是秦始皇的皇后，由于昌平君的造反，而受到牵连被诛杀。
秦始皇的皇后很可能是昌平君的姐妹，或者是楚国公主，由于秦灭楚，导致一系列的楚人不满，由于楚人的造反，被秦始皇一网打尽，包括皇后。陈胜、吴广造反打着项燕和扶苏的旗号，项燕是楚将，可扶苏呢？秦始皇的儿子，陈胜吴广除了要争取楚人支持，很有可能也为了争取身为楚人儿子扶苏的支持者。一切的迹象都指向秦始皇的皇后很可能是楚人，有可能被杀，有可能被废，但史书没有记载，我们也无从得知，一切都是推测。