方孝孺从小就聪明好学，史书记载：
“孝孺幼警敏，双眸炯炯，读书日盈寸，乡人目为‘小韩子。’”
后来方孝孺受人推荐，得到朱元璋的赏识，然而有人建议重用方孝孺时，朱元璋却说：
“今非用孝孺时。”
原来，朱元璋是希望将来，方孝孺能够辅佐孙子朱允炆。朱允炆即位后，便谨遵祖父遗训，开始重用方孝孺，召他任翰林侍讲，后为翰林学士。朱允炆将方孝孺、黄子澄、齐泰视为自己的亲信。
建文元年，朱棣发动靖难之役，朱允炆将方孝孺等人视为自己的智囊团，对他们的话言听计从。
建文三年，方孝孺建议命令辽东诸将直捣北平，趁朱棣回军救援的时候，派军在后面追击，这样一定可以擒拿朱棣。同时，他让建文帝写信安抚朱棣，表示愿意赦免朱棣的罪行，让他自行罢兵回去。
朱允炆马上命方孝孺起草诏书，然后派大理寺少卿薛岩去送信。结果薛岩私自将谕旨收起来，将士们得不到诏令，而朱棣自然也不会奉诏。
朱棣出征时，留下世子朱高炽监国。方孝孺知道朱棣次子朱高煦一向自恃功高，认为自己比兄长朱高炽能干，于是想出一招离间计。他写了一封信，谎称朱棣有废世子之心，意在离间朱高炽和朱高煦的兄弟情。
谁知朱高炽收到信后，看都没有看就交给了朱棣，朱棣直接将信撕了，导致方孝孺的计谋再一次失效。
建文四年，眼看朱棣就要打到南京，方孝孺又建议以割地向朱棣许诺，借此拖延几天时间，好让朱允炆下诏征集各地军队勤王。朱允炆便派人去议和，但是朱棣不肯听。最后李景隆和谷王打开金川门，朱棣顺利进入南京。朱允炆在大火中失踪，方孝孺则被抓获。
当初朱棣起兵之时，姚广孝曾请他不要杀方孝孺，姚广孝说：
“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”
朱棣当时也答应了，然而最后，他还是将方孝孺灭了十族。既然他已经答应了姚广孝，为何后来还是灭了方孝孺十族呢？
朱棣夺位成功后，除了要处死他深恶痛绝的黄子澄、齐泰等人以外，对于大多数建文旧臣，他还是采取招抚为主。除非有人宁死不屈，甚至出言顶撞，朱棣才会痛下杀手，而方孝孺就是其中之一。
朱棣原本也想履行承诺，不杀方孝孺，所以他第一时间，请方孝孺为自己起草诏书。如果方孝孺肯答应的话，将来朱棣一定是会重用他的。可是方孝孺一到朝堂上，就哭得死去活来。
朱棣上前安慰他，说自己这是在效仿周公辅成王，可是“成王”已在大火中丧生，而且他的儿子还太小，国家需要成年的君主，所以自己才不得已做了皇帝。方孝孺接着问既然如此，为什么不立朱允炆的弟弟，朱棣见无法说服方孝孺，便称这是朱家的事，外人不便插手。
之后，朱棣耐着性子再请他为自己起草诏书，并命人送上纸笔。结果方孝孺将笔扔在地上，边哭边骂道：
“死即死耳，诏不可草。”
朱棣忍无可忍，说要灭方孝孺九族，谁知方孝孺说就算灭十族又如何。于是朱棣下令将方孝孺处以磔刑，并灭其十族。
方孝孺对于朱允炆是“忠”，却也死在“忠”字上。后世对于方孝孺的评价褒贬不一，有的认为他宁死不屈，是有骨气的举动，值得赞颂。
而有的人却认为，方孝孺要以死殉主没问题，可不该不顾族人性命。尽管《明史》没有记载他被诛灭十族，但却明确记载了：
“孝孺之死，宗族亲友前后坐诛者数百人。”
这既是对朱允炆的愚忠，又是对族人的不义，所以不值得赞扬。