延续了几千年的科举制度之所以在清朝末期被废除，根本原因在于当时科举制度八股取士的方式已经不符合朝廷选人用人的标准，已经落后于世界潮流，不能满足新时代的新要求。
19世纪末期，经过几次战败和大量的割地赔款，清政府在一定程度上已经认识到了自己的腐朽落寞。清政府也进行了洋务运动等一系列自救运动，随着洋务运动的开展和西学东渐的进一步发展，清政府自己也意识到了科举制的弊端。
于是，清政府在1888年的时候对科举制度进行了改革，设立了算学科，首次将自然科学纳入科举考试，以选拔相应的人才；1889年，清政府又增设了经济特科，以选拔经时济世的人才，当时作为革新派的康有为等人主张将八股取士改为策论，以彻底改变科举制度僵化的局面，但此举太过激进，遭到了守旧派和一些读书人的阻挠，不久之后就被慈禧太后废除。
1901年，清政府已经意识到不进行较为彻底的变法改革已经不行了，遂清政府开始推行“清末新政”。后来，在各地的极力要求之下，清政府颁布了《奏定学堂章程》其中规定到：将八股取士改为策论。但是这时科举制度并没有废除，读了十几年书的秀才们，因为种种原因，仍然重科举而轻策论。
为了解决这一问题，在张之洞等人的建议下，清政府开始大力推广新式学堂，主要以教西学为主，并通过新式学堂将教书育人和选才、用才合二为一。
在这个背景之下，清政府遂宣布：1906年起，全面停止科举考试，又清政府的教育部门颁发新式教科书，各级要设立相应的新式学堂，至此延续了1000多年的科举制度废除。
任何一种选举制度，均受当时的社会制度所制约，科举亦然。由于科举制度的目的是为了选拔官员而不是选拔学者及其他专门人才，这就决定了它的考试内容；同时，由于生产力发展水平的限制，也很难要求科举考试中增加诸如数学、物理、农学乃至商业管理等等尚未形成体系或尚未出现的学科。清未所以能够废科举，并不在于科举本身的弊病，而在于社会制度发生变革。
当然，科举制度以实用主义引导读书人断章取义地对待文化遗产、钻研甚至强记八股时文去夺取功名利禄，对于思想文化和科学事业的进步，确实产生了极为恶劣的影响。