在《数码宝贝》冒险的3年后，数码世界又随即开始出现新的危机，一位自称暴龙改造者的少年利用黑暗螺旋环和黑暗塔企图控制数码宝贝，占领数码宝贝世界。
新一代被选中的孩子本宫大辅、井上京和火田伊织，一乘寺贤。与新出现的敌人亚基利兽和她的伙伴木乃伊兽战斗。当战斗被带入现实世界，真正的策划者——及川悠纪夫出现。
故事的最后，全世界的被选中的孩子全部帮忙，打败了最后的敌人贝利亚吸血魔兽。和平恢复后，数码世界和现实世界被联系起来，每个人都拥有了自己的数码宝贝。
数码暴龙大冒险01：
八神太一、石田大和、武之内素娜、城户丈、泉光子郎、太刀川美美、高石武、八神嘉儿这八位小朋友，在夏令营中受到召唤而到进入数码世界进行冒险。
> 数码暴龙大冒险02：
在大冒险01三年后，本宫大辅、井上京、火田伊织、一乘寺贤四个小朋友、与及01中拯救数码世界的八位小朋友一起进入数码世界进行冒险。
>数码宝贝驯兽师：
松田启人、李建良、牧野留姬、秋山辽、加藤树莉、盐田博和、北川健太等小朋友，来到数码宝贝世界，打败堕天地狱兽后回到人类世界，并合力打败帝力魔，拯救了世界。
>数码宝贝无限地带：
神原拓也、源辉二、织本泉、冰见友树、柴山纯平、木村辉一六位孩子受到神圣天女兽的召唤，进入数码宝贝世界，进化成数码宝贝拯救了世界。
>数码兽拯救者：
大门大、托马、淑乃、郁人四个孩子打败入侵现实世界的数码宝贝后，进入数码世界面见了伊古德拉希尔，最终打败了它，拯救了两个世界，大门大也救回了自己失踪了很久的爸爸大门英。结尾，大门大也和亚古兽等去了数码世界冒险。