人类认识、研究和防治植物病害远在人、畜病害之后。人类注意害虫对农作物的为害也比病害早。因为在显微镜发明之前，人们用肉眼看不见为害农作物的微生物。
在古代，由于生产水平低下，人类对自然的认识和改造能力极其有限。往往幻想是超自然的神灵在主宰自然现象的变化。认为植物病害是人们的罪孽使上帝发怒或日月星辰移位所致。这种神学观念统治长达2000年之久。
自18世纪后期，许多科学家冲破宗教信念的束缚，对植物病害的本质进行了广泛的研究，并做出了有价值的贡献。法国的MarthieuTillet经过实验证明小麦腥黑穗病是由一种“黑粉”传染所致，其后法国的M.Prevost确证这种病原物是一种真菌，成为第一个用事实证明植物病害直接原因的人，这也是病原学说的开端之一。
1845年和1846年，一种严重的马铃薯病害几乎毁灭了爱尔兰所有的马铃薯而造成了大饥荒，这一悲剧性事件把许多科学家的注意力集中到植物病害上来，给予植物病理研究以极大激励。当时对马铃薯的这种病害原因众说纷纭。德国医生兼真菌学家Anton de Ba-ry花了5年时间研究，到1861年完全证实是由一种疫病菌所致的马铃薯晚疫病，说明真菌是植物病害的原因。由此建立了植物病原说。他还提出黑粉病和霜霉病是真菌侵染的结果，锈菌有转主寄生现象，他被视为植物病理学之父是当之无愧的。
继LuisPasteur和RobertKoch（1876）发现动物炭疽病的病原是细菌，并由RobertKoch提出了著名的柯赫氏法则之后，ThomasJ.Burrill（1877）在美国证明了梨和苹果的火疫病为细菌所致。美国ErwmF.Smith从1895年起在植物细菌性病害的研究方面做出了杰出的贡献，在植物细菌病害方面写了100多篇论文，特别是在葫芦科、茄科、十字花科细菌性萎蔫病方面消除了人们对其病原的疑问。他首次研究了果树根癌病的解剖学及其发展，认为该病类似于人类和动物的肿瘤，被誉为植物细菌病害的奠基人。
植物病毒病害很早就受到人们的注意，但对病毒的认识是从19世纪末才开始的。德国人AdolfMayer（1886）发现烟草花叶病可由病叶的汁液传染，证明这种病害是一种传染性病害。俄国人（1892）进一步证明烟草花叶病病株汁液通过细菌过滤器后仍具有致病力。荷兰科学MartinusW.Beijerinck（1898）重复了试验，得到同样的结果，并且发现这种致病物质能在琼脂中扩散，认为这是一种“传染性活液”，后来称之为病毒。这才首次把植物病毒病同其他侵染性植物病害区别开。此后类似的病害不断发现，并且还发现了病害同媒介昆虫的关系。1935年美国的W.M.Standey用硫酸铵沉淀法和醋酸铅脱色法提纯烟草花叶病毒，得到纯结晶，并证明它是一种蛋白质。1936年英国的F.C.Bawden和N.W.Pirie发现烟草花叶病毒中含有核酸（RNA）。1956年H.Fraenkel-Conrat发现烟草花叶病毒除去蛋白质后，仅用核酸接种，也有侵染力，并表现出原有症状。R.Shepherd等人（1968）证明花椰菜花叶病毒是DNA病毒，1972年T.O.Diener发现了类病毒。
英国T.Needham（1743）第一个报道小麦籽粒（虫瘿）内的植物寄生线虫。植物寄生线虫奠基人N.A.Cobb（1907）在美国农业部内建立第一个线虫学研究机构，并于1913—1932年系统地研究了植物寄生线虫，对线虫的分类学、形态学和方法学做出了很大的贡献。1916年，章祖纯发表了关于北京附近的小麦粒线虫和粟线虫的报告，我国其他学者对其他植物线虫病害也做了调查研究，其中朱风美1940年研制的小麦粒线虫虫瘿汰除机，汰除虫瘿率达99%以上。1967年，日本科学家土居养二发现几种由叶蝉传播、引起植物黄化病的植原体。可认真考虑，总结经验。随后有人提出了病害三角关系、病害四面体关系，认为任何一种因素的变动都将对植物病害产生一定的影响。20世纪70年代后，由于生态学的发展，植物病理学界也随之提出了植物病害系统的概念以及较为科学的病害综合防治策略，使植物病理学迈入成熟发展的阶段。20世纪80年代末以来，更多的是用生化技术、遗传工程和分子生物学的理论和方法研究植物病害发生的机制，阐明植物病害过程中寄主与病原物相互识别的分子基础，寄主、病原物与病程有关的基因结构、表达和调控机制。近年来以DNA重组技术为基础开展植物抗病基因工程，以及对植物病原物进行分子标记用于病原物的群体遗传学研究和病害流行学研究取得了惊人的进展。
我国植物病理学起步较晚，大约在1912年前后才开始有人从事植病工作。从20世纪50年代开始植病工作者大部分的注意力都倾注于主要经济作物病害。如小麦锈病、稻瘟病、棉花枯黄萎病、大白菜三大病害和苹果树腐烂病等。目前国际上已经开展的有关植物病理学的领域，在我国已经没有空白，经过广大植病工作者的努力，有些领域已经达到或超过世界先进水平。需要指出的是，植物病理学今后的发展任重而道远，需要多个学科的科学家协作和不断努力，才能为保障人类的食物来源、环境的优化和农业的可持续发展做出更大贡献。