满族最初的信仰是萨满教，这是一种崇拜自然神和祖先等多神的原始宗教，由野祭而逐渐演变为堂子祭、家祭等形式，其中家祭进入清初宫廷就形成了清入关前的宫廷祭祀礼俗。在清代宫廷礼仪中，最具有满族民族特色的仪式当属萨满祭祀。而沈阳故宫的清宁宫应是萨满祭祀走向宫廷化、典制化后最早的祭祀场所。因此，在清宁宫内恢复举行萨满祭祀典礼，成为清帝驻跸盛京宫殿期间一项十分重要的礼仪活动。
清宁宫祭神典礼原为清太宗时期举行的一项宫廷萨满祭祀仪式，来源于本民族氏族部落的民间家祭，参加者为皇帝、后妃及其爱新觉罗氏家族的主要成员。清入主中原后，宫廷祭神典礼的地点则移至仿照清宁宫格局而改建的北京宫殿的中宫坤宁宫。满族萨满祭祀分为朝祭、夕祭和祭天（还愿） 三类。其中朝祭、夕祭均于清宁宫室内举行。朝祭的主要祭祀对象是佛祖释迦牟尼、观世音菩萨、关帝，祭位设于室内西墙正中；夕祭所供则是满族传统的部落神、祖先神及星辰神等，祭位设于室内北墙或西北墙角。其礼节略有区别，大体仪式如下：
祭祀前数日，备办供品，由事先从盛京皇族妇女中挑选出的办理祭祀者，先精心挑选黄米、黄豆等，再以之制成糕饼和米酒等供品。至祭祀之日，清晨，先举行供糕饼仪式，皇帝身着吉服面向室内西侧神位跪，女萨满（乾隆时规定由盛京居住的皇族妇女中挑选）
手执神鼓、神刀，系腰铃，边舞边用满语唱（念） 神歌神词，诸护卫人等击拍板、弹三弦、琵琶、月琴等伴奏，萨满祭毕，皇帝向神位行叩拜礼。随后进牲，即将家养黑色无杂毛公猪一口抬入清宁宫内，置于西炕前神案上，皇帝等再次向西跪，由主祭萨满将凉水或酒灌入猪耳内，猪摇头则认为神已“领牲”，皇帝等叩头谢神。然后将祭猪去毛皮头蹄内脏等，按部位分卸为若干大块，置室内北炕东侧大锅内煮之，半熟时捞出，于供案上摆成猪形，萨满仍如前领祭，有献祭肉、献香、献酒等仪式（夕祭时尚有熄灯而祭的仪式，称为“背灯祭”），皇帝等随之叩拜行礼。待祭肉再重新置于锅内煮熟后，切成大块分给参加祭祀者（包括经皇帝允许的异姓大臣和侍卫），用自带的解食刀割食，称为吃“福肉”。
萨满祭祀神帽
祭天或称还愿祭，所祭对象为天神（满语称“阿布凯恩都哩”），一般于清宁宫祭神次日举行。主要供品祭器都陈放在清宁宫宫门南侧庭院中索罗杆（神杆） 前。其间也有领牲、萨满跳神唱念祭词领祭、皇帝叩拜行礼等诸项仪式。所不同者，祭祀时男性参加者于院内露天处，女性于室内正对索罗杆处。每次祭祀过程中要更换神杆，并于祭祀时将所献祭猪的喉骨套于杆尖，将猪内脏等碎肉置于杆顶锡碗内。
祭礼中有将祭猪各部位肉少许切于碗内供祭，再倒在支在院内的大铁锅内，连同米饭一起煮成“小肉饭”，祭者同食。
关于在清宁宫内恢复举行萨满祭祀典礼一事，康熙帝三次东巡，有御临清宁宫的记载，但从乾隆时的档案记录证明，迄今为止并未见有康熙帝于清宁宫祭神的确切记录。乾隆八年（1743年），乾隆帝东巡盛京，于九月二十八日及三十日均至清宁宫行九献礼。十月初一日行大祭礼，十月初二日还愿。祭祀所用神幔、垫褥、香碟等，俱由北京带到盛京使用。乾隆十九年（1754年） 定例，以后凡遇圣驾巡幸盛京，所有清宁宫祭祀应行事宜，均照乾隆八年之例。除所供神幔、垫褥、亭座……外，所需器皿有应修理者，均由盛京内务府大臣负责修整，故于清宁宫依祖制重行悬幔祭神家祭之礼应首推乾隆帝。
自乾隆八年（1743年） 始，清高宗弘历曾四次东巡祖宗发祥之地，每次均于清宁宫隆重举行祭神祭天活动，这在《清高宗实录》上有明确记载：
乾隆八年九月二十八日，皇帝至清宁宫祭神；三十日，皇帝至清宁宫祭神。
乾隆十九年九月“己丑，上诣清宁宫祭神”。
乾隆四十三年九月“丁亥朔，上诣清宁宫祭神”。
乾隆四十八年九月“己酉，上诣清宁宫祭神。礼成，赐扈从皇子、王公、大臣及蒙古王、贝勒、贝子等食胙”。
萨满祭祀用品
作为成例，嘉庆、道光二帝亦照行不误，并留有许多关于这方面的御制诗文，嘉庆帝有“留都正寝额清宁， 孝训于昭凛敬听。神幔悬楣伸孝享，葛灯挂壁式仪型”和“正寝祀神万福基，酌匏执豕典昭垂。壁间灯挂常瞻仰，楣际幔悬勿改移”等多首诗作。道光帝则写过“祀神黄幔仰神龛，万福之原万世覃”的诗句，该诗匾现陈列在清宁宫中，成为人们印证清宁宫史迹的表征。
索罗杆
清帝东巡期间清宁宫举行的萨满祭祀属大祭，包括朝祭、夕祭、背灯祭和祭天（还愿） 等类型。朝祭、夕祭及背灯祭均于清宁宫室内举行，而祭天还愿则在清宁宫室外的庭院举行。清宁宫朝祭神位设于宫内西墙正中；夕祭神位设于宫内北墙西部。神龛有架，上悬黄幔，下置神板，陈设有香匣、索匣、香碟和幪子。今沈阳故宫仍保留有部分清乾隆时期清宁宫祭神的祭器和萨满所用之神具，如萨满帽、萨满鼓、萨满铃、萨满腰铃、萨满刀、索绳（子孙绳） 等，是为清帝东巡于盛京宫殿举行萨满祭祀的实证。关于乾隆东巡时清宁宫祭祀情况，早有学者引用乾隆八年的档案材料证明，清宁宫大祭之时，乾隆帝参加了包括朝祭、夕祭、背灯祭的全部祭祀活动，共用猪八口，即乾隆八年九月二十八日和三十日两天，每天四口，朝祭两口，夕祭两口。背灯祭后，乾隆帝与宗室王公用小刀自割食胙（猪肉），视为“皆祖宗所赐之福”。祭天一般在大祭的第二日举行，用猪一口，于清宁宫前院内宰杀作为牺牲，将牲之内脏等切碎置于院内神杆上的锡斗内以饲鸦鹊。又用小米与切碎牲肉在院内临时架灶煮“小肉饭”吃，而大块牲肉则放置清宁宫内大锅煮熟，祭祀完毕后，分给宗室、侍卫、太监、杂役人等食用。乾隆八年，乾隆帝奉皇太后一同东巡，所以皇太后也应参加了清宁宫祭天仪式并依礼而行。
另据乾隆四十三年（1778年） 档案史料《清宁宫执事人员人等花名册》得知：清宁宫祭神共有执事官员一百多名，其中准备祭品的人员中有“碓上人”，为六名已婚妇女，负责做糕饼等祭品；“牡丹上人”为二十二名已婚妇女，负责做祭品牡丹（即搓条饽饽）；“做酒蒸拉拉人”为五名已婚妇女，做祭品醴酒和清酒等。而“打糕甲丁”“看井领催”“拿猪拉水苏拉（协助省牲、解牲、拉水、煮肉等） ”等由几十位壮丁担任，统一由“阿母孙章京”和“阿母孙领催”指挥。祭祀过程中，所谓“香上人”“锅上人”亦为已婚妇女担任，“引猪满洲”则由两名骁骑校担任。清宁宫祭神女萨满共三名，均为盛京觉罗之妻；还愿祭天时则用还愿男萨满两人，为云骑尉品级章京。其他还有弹弦子、琵琶者由两名盛京宗室头人担任；打鼓、扎板由两名盛京闲散觉罗担任等等。从上述所设祭祀人员和其职责，大致可推断出清宁宫祭神的供品主要为打糕和搓条饽饽，供酒为醴酒和清酒。牺牲为猪，须经过领牲、省牲、解牲并放在清宁宫内大锅煮熟，先供神，后食胙。神享后，由皇帝、皇子、王公大臣、太监侍卫等分食，宫中称“食胙”，民间称“吃福肉”。当然，供品还有香、烛等。祭神过程中，萨满在弦子、琵琶、鼓、扎板等伴奏下，要以满语祈祷歌唱并扭动腰肢，盘旋起舞……文献记载辅以今沈阳故宫仍保有的珍贵遗物，清帝东巡期间于清宁宫内外祭神祭天的历史场景生动、鲜活。道光以降，再也没有皇帝东巡祭祖谒陵驻跸盛京宫殿之事，因而清宁宫萨满祭祀亦寿终正寝。