无害化处理可以选择深埋、焚化、焚烧等方法，饲料、粪便也可以发酵处理。在处理过程中，应防止病原扩散，涉及运输、装卸等环节要避免洒漏，对运输装卸工具要彻底消毒。
（1）深埋
深埋点应远离居民区、水源和交通要道，避开公众视野，清楚标示；坑的覆盖土层厚度应大于1.5米，坑底铺垫生石灰，覆盖土以前再撒一层生石灰。坑的位置和类型应有利于防洪。禽鸟尸体置于坑中后，浇油焚烧，然后用土覆盖，与周围持平。填土不要太实，以免尸腐产气造成气泡冒出和液体渗漏。饲料、污染物以及禽蛋等置于坑中，喷洒消毒剂后掩埋。
（2）焚烧焚化
根据疫情所在地实际情况，充分考虑到环境保护的原则下，采用浇油焚烧或焚尸炉焚化等焚烧方法进行。
（3）发酵
饲料、粪便、垫料等可在指定地点堆积，20℃以上环境条件下密封发酵至少42天。