2008年，为配合南通市北翼新城及火车站站前区的建设及发展，经市政府研究决定，将医院整体迁建并以此为基础组建南通市第六人民医院。医院新址位于港闸区永和路500号，占地面积4万平方米，投资1.28亿元，规划床位500张，分设急诊医学、ICU、血透中心、内科、外科、骨科、妇科、儿科、五官科、结核科及大型体检中心，医技科室等。作为2009年市政府重点工程之一，目前结核病诊疗中心、医院综合楼已全面投入使用。
医院注重质量管理，弘扬救死扶伤的人道主义精神，以高尚的医德、精湛的医术热诚为广大病员提供优质的服务。
南通市2009年政府为民办实事项目之一，南通市第六人民医院整体迁建工程已于9月底全部竣工，定于2010年10月8日全面开诊。
南通市第六人民医院前身为南通市肺科医院，始建于1972年，是一所以呼吸系统疾病诊治为特色，内外科综合诊疗兼备的二级甲等综合性医院。2008年，为进一步优化市区医疗资源配置，满足广大人民群众对健康服务的更高需求，经市政府研究决定，医院整体迁建至永和路500号,并按二级甲等综合性医院标准组建南通市第六人民医院。新医院一期总投资1.58亿元，占地面积40000平方米，建筑面积36000平方米，设置床位500张。新建的第六人民医院有如下特色：
位置优越，交通便捷。医院位于港闸区，地处南通市北翼新城核心区域，北临火车站，与宁启高速陈桥出口、南通北出口相毗邻，东至工农路延伸段，南临苏建阳光新城、秦灶新村、民安花苑等居民集聚区，并通过四座跨河大桥与主城区紧密联系,与即将通车的北城大桥一线贯通，位置优越，交通便捷。
设计科学，环境舒适。医院主体建筑秉承“科学、人文、绿色”的设计理念，融现代建筑艺术和现代医学需求为一体。医疗综合楼分设门诊、急诊、医技、病房这四个功能区间，相对分开又通过过道紧密相连，集智能化、数字化、人性化设计于一体，让来院就诊的病人及家属、医护人员不受日晒雨淋之苦，患者从挂号、候诊、就诊、检查到付费、配药，均可在同一区域内完成，可真正实现一站式服务，门诊还提供分层挂号收费服务，解除了患者来回奔波之苦。医院住院病房按星级宾馆设计，每个房间有卫生间，配有中心供氧、中心吸引等先进设备，还有中央空调、液晶电视、热水供应系统、传呼系统、自动消防系统、计算机网络系统等配套设施，可为患者提供安全、舒适的住院环境。
科室齐全，设施先进。医院一期开设急诊科、呼吸科、心脑血管疾病科、消化内科、肾脏/内分泌科（血液净化中心）、普外/胸外科、骨科、妇科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、皮肤科、中医科、体检中心、结核病诊疗中心及医技科室等。目前已启用的医学影像中心拥有美国GE公司16排螺旋CT、意大利GMM公司DR与数字胃肠、美国柯达公司CR、日立8OOMA-X光机及德国Siemens彩超等先进设备，可以为患者提供更优质、更安全、更满意的医学影像检查。同时，该中心现代化影像存储传输系统（PACS系统）已初步建成，可将各种医学影像在线存储，实现计算机网络化管理。医院还通过与上海裕隆生物科技有限公司合作建设了江苏地区一流的现代化临床检验中心，常规开展各类检验、检测项目，并开展分子病理学、DNA测序、PCR技术等尖端检查，临床各科室工作的开展提供强力支持。
技术精湛，服务贴心。医院在原有高中级人才梯队的基础上，以造就优势学科、培养特色专科为出发点，于2010年先后招聘、引进高中初级人才一百余名，搭建了一个多层次学科发展的技术平台。医院开诊后将实行24小时无假日服务，同时专设病员一体化服务中心，秉承“以人为本，用心服务，全程关怀”的人文服务精神，以患者需求和满意为导向，主动为患者及家属提供预约、咨询、导医、陪检等服务，力求通过优化就诊流程，优化服务流程，开展“优质服务”竞赛等活动，推动医院服务更加贴心。
市第六人民医院将以全面开诊为契机，致力创品牌，着眼树形象，在提升办院层次、优化诊疗环境的同时，进一步加强内涵建设，改进内部管理，加强医学人才培养，推动临床科技创新，不断提高医疗质量和救治水平，倾力打造政府满意、百姓认可、社会称道的“德政工程”、“民心工程”、“精品工程”，为维护人民群众的身体健康和生命安全作出新的更大的贡献。
