民国北洋政府于1912年3月30日成立内阁。由国务院、行政各部和国务院直辖各机关组成。国务院成员称国务员，包括国务总理和各部总长。国务总理为实际的行政首长，由大总统提名，经国会同意后任命；通过国务会议处理政务，并对国会负责；同时也是国务院的首长，在国务员中居于领袖地位。各部总长(一人)由总理提名，经国会同意后再由大总统任命；另设次长(一人)，为总长之副；下置总务厅和各司(局)，分理具体政务。国务员辅佐大总统负其责任，对大总统所发命令等，国务总理均须副署，各部总长就关系所主管的部务连带副署。但在袁世凯时期，大总统事实上不受法律的约束，国务员副署徒具虚名。国务院置秘书厅，设秘书长上人，承国务总理之命，掌理秘书厅事务。行政各部初为外交、内务、财政、陆军、海军、司法、教育、农林、工商、交通十部。1913年12月22日短农林、工商二部为农商部，存九部。国务院直辖机关有法制、铨叙、印铸等局。
1914年5月1日，袁世凯改责任内阁制为总统制。3日取消国务院和国务总理，于总统府置政事堂，设国务卿一人赞襄政务。又设左、右丞各一人，赞助国务卿与闻政事；参议八人，审识法令。政事堂直辖机要、法制、铨叙、印铸、主计五局和司务所。行政各部在组织方面无大变化，其总长职权不能独立行使，须一一请示大总统。政事堂和行政各部不复具有内阁的性质。1916年4月21日，由于护国战争的爆发和胜利，袁世凯被迫再次改制，规定国务卿和各部总长均为国务员，由国务员组织政府，辅弼大总统负其责任。国务卿受大总统委任总理国务，公布法令及国务文书，并得依其职权或特别委任发布政府令。政事堂和直辖的五局一所仍旧，不设左、右丞。5月4日，又将仅属于国务卿的发布政府命令权扩大到全体国务员。8日命改政事堂为国务院，复设国务院秘书厅和秘书长，独不恢复国务总理名义。6月29日黎元洪废国务卿，恢复内阁旧制。
1924年11月24日，内阁制再次被废。段祺瑞以临时执政兼为行政首长，直接指挥各部。直至1925年12月25日才复设国务院，任命国务总理。但内阁并无独立职权，与政事堂、国务卿无异。1927年6月18日张作霖就任陆海军大元帅，为最高军政首脑，其下仍置国务院，由包括国务总理和各部总长的国务员组成，辅佐大元帅政务：行政各部分农商部为实业、农工二部，合陆军、海军、航空署及不属内阁管辖的参谋本部为军事部，合计外交、军事、内务、财政、司法、教育、实业、农工、交通九部。由于军事部将军政和军令合而为一，军事独裁的性质更加明朗化。1928年6月3日，最后一届内阁随着北洋政府的覆灭而告结束。